Saat Jepang menduduki seluruh Indonesia, Radio NIROM dibubarkan diganti dengan nama Hoso Kanri Kyoku. PRK juga dibubarkan Jepang, dan orkes Lief Java berganti nama Kireina Jawa.
Saat itu Ismail Marzuki mulai memasuki periode menciptakan lagu-lagu perjuangan. Mula-mula syair lagunya masih berbentuk puitis yang lembut seperti 'Kalau Melati Mekar Setangkai', 'Kembang Rampai dari Bali' dan bentuk hiburan ringan, bahkan agak mengarah pada bentuk seriosa.
Kemudian, Ismail Marzuki menciptakan lagu yang mulai mengarah pada lagu-lagu perjuangan, antara lain 'Rayuan Pulau Kelapa', 'Bisikan Tanah Air', 'Gagah Perwira', dan 'Indonesia Tanah Pusaka'.
Kepala bagian propaganda Jepang, Sumitsu, mencurigai lagu-lagu tersebut lalu melaporkannya ke pihak Kenpetai (Polisi Militer Jepang), sehingga Ismail Marzuki sempat diancam oleh Kenpetai. Namun, putra Betawi ini tak gentar.
“Permisi, Sir. Saya mencurigai Tuan Ismail Marzuki yang telah menciptakan beberapa syair lagu yang memiliki makna dan pesan tertentu, saya tidak mengerti. Namun, mungkin ada beberapa pesan pada para pejuang dari Indonesia. Ini...” Lapor kepala bagian propaganda Jepang, Sumitsu pada pihak Kenpetai sambil memperlihatkan tulisan dari beberapa bait syair yang telah dibuat oleh Ismail Marzuki.
Hingga pada suatu saat, Ismail Marzuki kedatangan pihak Kenpetai. Ia di ancam telah merugikan pihak Jepang. Namun, perjuangan Ismail Marzuki ini tak gentar. Ia selanjutnya pada 1945 menciptakan lagu 'Selamat Jalan Pahlawan Muda'.
Rasa nasionalisme Ismail Marzuki bukan hanya bermanifestasi dalam lagu-lagunya yang sebagian besar mendayu, melainkan juga dalam aksi dan pemikirannya. Dalam bentuk aksi, nasionalisme Ismail Marzuki terlihat kala dirinya 'berontak' pada perusahaan tempatnya bekerja, NIROM atau Nederlands Indische Radio Omroep Maatshappij.
Pada akhir 1946, Belanda mengambil-alih Radio Republik Indonesia dan mengubahnya menjadi Radio Omroep in Overgangstijd (ROIO). Ismail yang kerap siaran di RRI pun dibujuk untuk ikut bergabung di ROIO. Namun Ismail menolak dengan keras permintaan tersebut.
“Tuan, Saya tahu sekali Anda sangat berkompeten dalam bermusik dan membuat syair lagu. Kali ini saya memberikan anda kesempatan untuk bergabung dengan kami, ROIO. Jika Anda tertarik, kami menawarkan gaji lebih tinggi daripada sebelumnya untuk Anda beserta mobil pribadi dan tunjangan lainnya yang mungkin Anda butuhkan.” Jelas pegawai Belanda yang bekerja di ROIO.
“Mohon maaf sebelumnya, tapi saya tidak bisa. Terima kasih sudah menawarkan, saya lebih memilih tidak memiliki apa-apa daripada harus kembali pada jurang yang sama.” Jawab Ismail penuh dengan penekanan dan keyakinan.
Setelahnya, Ismail membuat lagu berdasarkan sejumlah kejadian di masa-masa awal Indonesia, setelah Perang Dunia II, antara lain ‘Jauh di Mata di Hati Jangan’ (1947) dan ‘Halo-halo Bandung’ (1948) yang diambil dari peristiwa Bandung Lautan Api meletus pada 23 Maret 1946. Ada aksi pembakaran 200 ribu rumah penduduk Bandung agar kota itu tak dikuasai tentara Sekutu dan NICA. Ketika itu Ismail Marzuki dan istrinya pindah ke Bandung karena rumah mereka di Jakarta kena dihantam peluru mortir.
