 Pada akhir abad ke 19, wilayah Nusantara menjadi bagian dari Hindia Belanda. Pemerintahan Hindia Belanda secara resmi mengakui Islam sebagai salah satu agama di Nusantara dan memberikan kebebasan beragama bagi masyarakat Muslim, Tetapi, pemerintahan kolonial juga melakukan upaya untuk mengubah dan mengontrol ajaran Islam yang dianggap mengancam kekuasaannya. Dibawah pemerintahan kolonial Belanda, muncullah gerakan Islam modern seperti Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama (NU) yang berusaha memperbaiki dan memodernisasi ajaran Islam di Indonesia.
Keduanya di dirikan pada awal ke 20 dan berperan penting dalam membentuk identitas Islam di Indonesia. Secara keseluruhan, sebelum kemerdekaan Islam telah menjadi agama yang menjadi mayoritas dan memiliki peran penting dalam sejarah dan budaya Indonesia. meskipun pemerintahan Kolonial Belanda berusaha mengontrol ajaran Islam, gerakan Islam modern telah tumbuh dan berkembang di Indonesia dan berperan penting dalam membentuk Nusantara. Pembahasan perkembangan Islam sebelum kemerdekaan tidak lepas dari kajian peran Belanda, Inggris, dan Jepang yang juga sangat mempengaruhi perkembangan Islam.Â
Islam Indonesia merupakan bagian integral dari budaya Indonesia, karena mayoritas penduduk Indonesia menganut Islam. Pentingnya begitu dekat antara Islam dan Indonesia sebagai wilayah regional menyebabkan lebih dari tiga abad penjajahan Belanda dan Jepang, di mana upaya de-Islamisasi mereka gagal, sehingga iman Islam dimusnahkan oleh umat Islam
 Islam adalah agama yang membuka hati manusia dan mengatur hubungan antarmanusia, dapat mengisi kekosongan di hati, memberikan harapan yang cerah, dan mengantarkan manusia menuju kehidupan yang bahagia di akhirat. Ketika Belanda tiba di Nusantara (1596), mereka mulai bermasalah dengan komunitas Muslim. Penjajahan Belanda menghadapi perlawanan terus menerus dari komunitas atau pemeluk agama Islam, seperti Pertempuran Kota Banten, Hasanuddin Makassar, Perang Diponegoro, Perang Padri, Perang Aceh, dll. Daerah yang pertama tama di kunjungi oleh penyebaran Islam adalah sebagai berikut:
1)Pesissir Utara dari pulau Sumatra, yaitu di peureulak Aceh Timur, kemudian meluas sampai bisa mendirikan kerajaan Islam pertama di Samudra Pasai, Aceh Utara
2)Pesisir utara pulau Jawa kemudian meluas hingga ke Maluku yang selama beberapa abad menjadi pusat kerajaan Hindu yaitu kerajaan Maja Pahit, tidak melalui penjajahan dan perang melainkan melalui perdamaian. Di sisi lain, Barat datang ke Nusantara menerapkan kebijakan kolonisasi dan partisi, dengan tujuan menguasai perdagangan internal, ekonomi, dan sumber daya alam Nusantara. Ada fase-fase tahapan "masa" yang dilalui gerakan Islam sebelum kemerdekaan yaitu:
a)Pada Masa Kesultanan
 Daerah yang sebagian besar tidak terpengaruh oleh budaya Hindu-Buddha adalah Aceh, sedangkan daerah yang sedikit dipengaruhi oleh budaya Hindu-Buddha adalah Aceh, Minangkabau di Sumatera Barat, dan Banten di Jawa. Karena Islam memiliki pengaruh besar pada kehidupan keagamaan, sosial dan politik para pengikutnya, Islam muncul dalam bentuknya yang paling murni di bidang ini. Islam berakar kuat di kerajaan hingga Indonesia merdeka.Â
Salah satu buktinya adalah banyaknya nama-nama dan peninggalan Islami dengan nilai-nilai Islami. Pertumbuhan komunitas muslim Indonesia dimulai di beberapa pelabuhan penting di Sumatera, Jawa, dan pulau-pulau lainnya. Pertumbuhan komunitas muslim Indonesia dimulai di beberapa pelabuhan penting di Sumatera, Jawa, dan pulau-pulau lainnya.Â
Hal ini karena Islam pertama kali masuk ke Indonesia melalui para pedagang. Negara Islam pertama juga ditemukan di daerah pesisir seperti Samudra Pasai, Aceh, Demak, Banten dan Cirebon, Ternate dan Tidore. Dari sana, kemudian Islam menyebar di sekitar. Ibukota kerajaan itu tidak hanya menjadi pusat politik dan perdagangan, tetapi juga tempat pertemuan para ulama dan misionaris Islam. Ibnu Batutah mengatakan bahwa Sultan Malik al-Zahir dan Sultan Malik al-Zahir dari kerajaan Samudra Pasai dikelilingi oleh para ulama dan mubaligh, dan raja sangat gemar membicarakan masalah agama. Di Aceh ulama diangkat oleh raja-raja sebagai penasehat dan pejabat dalam bidang agama, tidak hanya di Aceh tetapi juga di kerajaan-kerajaan Islam lainnya.
Ulama memiliki peran yang sangat penting sebagai pendukung agama dan terkait dengan pendidikan.. Ada dua cara yang dilakukan ulama terkait dengan bidang Pendidikan:
