Penafsiran yang benar terhadap evolusi paus ini, progresif ataukah regresif, tergantung kepada apakah transitional species itu nyata ada atau hanya asumsi belaka. Apa yang mulanya kita asumsikan sebagai awal bisa jadi sebenarnya adalah akhir. Apa yang kita kira ekor sebenarnya adalah kepala.
Bone Wars
Perang fosil berawal dari kesalahan Edward D. Cope dalam menafsirkan fosil Platysaurus Elasmosaurus, di mana bagian yang dia kira sebagai kepala dikritik oleh O. Charles Marsh sebagai sebenarnya adalah ekor. Ini karena spesies tersebut memiliki leher panjang, yang wajar saja jika dikira sebagai ekor, sebab mindset orang pada saat itu ekor pasti lebih panjang dari kepala. Inilah awal perseteruan abadi antara Marsh dengan Cope.
Kejadian ini menunjukkan kepada kita peran mindset dalam menafsirkan fosil atau fakta biologi lainnya. Penafsiran kita atas sesuatu tidak boleh terkukung oleh satu paradigma saja. Karenanya, Teori Evolusi Darwin tidak boleh dianggap sebagai kebenaran tunggal atas fenomena evolusi.
Evolusi Iguana LautÂ
Jika dikatakan bahwa iguana laut berkerabat dengan iguana darat, maka pernyataan ini bisa diterima. Tapi jika dikatakan bahwa iguana laut berasal dari iguana darat dan iguana darat menjadi nenek moyang iguana laut, maka iguana laut akan punah bahkan sebelum menjadi iguana laut, dengan kata lain iguana laut tidak akan pernah ada. Evolusi dari iguana darat menjadi iguana laut membutuhkan perubahan organ pencernaan, sistem metabolisme, dan sistem fisiologi yang sangat cepat. Jadi cerita bahwa iguana laut berevolusi dari iguana darat yang terbawa hanyut ke laut di atas pohon atau batang kayu yang tambang adalah absurd.Â
Alam Mengecoh Logika Manusia.Â
Pohon Kelapa telah berevolusi secara cerdas dengan mengembangkan batang yang tinggi sehingga memenangkan persaingan atas sinar matahari. Kelapa pun berhasil memenangkan persaingan reproduksi dengan menghasilkan buah yang banyak dan besar. Kemudian pohon ini mengembangkan sabut yang melindungi inti buah yang membawa kemampuan reproduksi sehingga dengannya regenerasi terjamin. Sementara Pohon Beringin, Asem, Semangka, dan Melon telah mengambil arah evolusi yang berbeda, arah yang absurd bahkan. Beringin dan Asem dengan "tubuh" yang besar dan tinggi menghasilkan buah yang ukurannya kecil, sedangkan Semangka dan Melon mengembangkan buah yang besar-besar. Padahal seharusnya, Beringin dan Asem lah yang membangun buah yang besar-besar, bukannya Semangka dan Melon. Apakah alam telah membalikkan proses evolusi? Apakah alam telah salah desain? Sungguh alam telah mengecoh logika manusia. Alam telah membangun dirinya dan mengembangkan kehidupan di atas dan di dalam dirinya dengan cara-cara yang tidak harus tunduk dan mengikuti logika manusia.
Alam mengizinkan suatu mekanisme yang menyebabkan organisme bisa muncul dan berkembang secara mekanis, tapi juga mengembangkan mekanisme lain yang menyebabkan proses mekanis itu bersifat probabilistik, atau sama sekali tidak bekerja, atau secara tiba-tiba berhenti sama sekali. Alam tidak mengizinkan proses reversial dalam fenomena seperti ini. Ini sungguh mengecoh logika mekanis linear kita.
Alam pun mengizinkan mekanisme pragmatis yaitu hadirnya suatu organisme tertentu yang baru atau perkembangan dari organisme yang sudah ada adalah untuk mengisi peran atau ceruk peran tertentu dalam ekosistem ataupun rantai makanan. Ketika peran tersebut terlampaui melebihi kapasitas yang diizinkan alam, atau peran tersebut tidak dibutuhkan lagi, atau ada organisme lainnya yang bisa menjalankan peran tersebut dengan lebih baik, organisme tersebut disingkirkan atau dipunahkan, baik dalam skala individu, spesies, Â maupun populasi. Logika kontinuitas, divergen, Â dan progresif terkecoh dengan mekanisme ini.
Evolusi Probabilistik