Bagaimana mata pertama ada, sayap pertama ada, plasenta pertama ada, dan bentuk transisi yang belum ditemukan dari Archea ke Eukariotik, dari burung ke Mamalia, juga dari Mamalia ke Manusia adalah gambar nyata dari evolusi diskrit.
Keragaman hayati dengan rantai makanan dan keseluruhan interaksi ekosistemnya ada dan harus terhubung pada semua tahap Evolusi Geologi. Dengan demikian Evolusi Kehidupan harus kompatibel dan sinkron dengan Evolusi Geologi yang menjadi platformnya. Konsekuensinya, kita akan terhindar dari asumsi bahwa satu spesies yang sudah punah sama sekali dalam satu periode geologi terhubung dengan spesies lain yang secara morfologi mirip dengannya yang ada pada periode geologi yang berbeda. Evolusi hayati bersifat diskit semakin kuat dengan bukti ini.
Perubahan dalam ekosistem mendorong semua spesies yang ada dalam ekosistem tersebut untuk beradaptasi. Setiap spesies dalam ekosistem berevolusi. Rantai makanan harus tetap stabil dan utuh. Paket rantai makanan utuh ini mendorong kecepatan evolusi spesies-spesies yang ada harus lebih besar dari kecepatan perubahan dalam ekosistem. Jika lebih lambat dari itu, spesies tersebut akan punah. Struktur genetik pada setiap spesies menentukan kecepatan spesies tersebut dalam beradaptasi terhadap perubahan ekosistem. Hasilnya sebagian spesies pasti punah, sehingga stabilitas rantai makanan bisa terganggu karenanya. Lebih lanjut kepunahan satu spesies akan memicu kepunahan spesies lainnya.
Karena evolusi adalah produk perubahan ekosistem, maka evolusi spesies dalam suatu ekosistem terpisah dari evolusi spesies di ekosistem lain maupun di masa geologi yang lain kecuali adanya spesies transisi yang nyata. Kedekatan morfologi dan genetik tidak serta merta menunjukkan evolusi spesies, melainkan jika ada mekanisme dan spesies nyata yang menghubungkannya.
Evolusi diskrit ini yang mensyaratkan adanya spesies peralihan yang nyata merisaukan Darwin. Darwin menggambarkan kurangnya fosil peralihan sebagai "keberatan yang paling jelas dan paling serius yang dapat diajukan terhadap teori saya."
Evolusi Konvergen
Teori Evolusi Darwin berasumsi bahwa suatu spesies mempunyai kemampuan membentuk variasi. Ini biasa disebut sebagai evolusi divergen. Tapi nyatanya sejumlah besar spesies tampak merupakan gabungan atau persilangan dari sejumlah spesies lain yang sama sekali berbeda. Yang terakhir ini disebut Evolusi Konvergen. Lantas, mekanisme apa yang mengatur suatu spesies mengalami evolusi divergen atau evolusi konvergen?
Evolusi Regresif
Pohon Evolusi yang dibangun dari Teori Evolusi Darwin secara nyata menunjukan bahwa semakin hari spesies-spesies yang ada itu semakin kompleks. Ini bertentangan dengan fakta bahwa organisme justru semakin efisien dengan menyederhanakan organ, sistem organ, dan sistem metabolisme mereka. Proses evolusi progresif yang membentuk kompleksitas berjalan bersamaan dengan evolusi regresif yang menuntut efisiensi dan simplicity. Seleksi alam bekerja secara progresif dan regresif sekaligus. Satu organ pada suatu spesies mungkin berkembang secara progresif sementara untuk organ yang lain berkembang secara regresif. Mekanisme apa yang mengatur kedua opsi itu?
Evolusi Paus
Paus yang tubuhnya luar biasa besar itu hanya memakan plankton yang hampir tidak terlihat. Paus merupakan mamalia darat yang memutuskan berevolusi kembali ke dalam kehidupan lautan sekitar 50 juta tahun lalu. Sementara 400 juta tahun lalu semua nenek moyang hewan darat berevolusi dari kehidupan di lautan dengan mengembangkan evolusi progresif. Arah evolusi berbalik. Paus menghilangkan sejumlah kemampuannya agar bisa hidup kembali di laut. Bagian tubuh dan kemampuan yang hilang di antaranya adalah kaki, rambut, pembekuan darah, kemampuan untuk tidur, dan kelenjar liur. Semua itu melibatkan hilangnya 85 gen mamalianya. Upaya ini bertujuan untuk mencapai tingkat energi tertinggi dan mencapai efisiensi tertinggi. Baru 10 juta tahun lalu nenek moyang paus memutuskan untuk sepenuhnya kembali ke laut. Kita melihat evolusi regresif dilakukan untuk mencapai efisiensi yang lebih baik dengan menemukan plankton sebagai makanan terbaik.
