Pemikiran Ionia didasarkan pada keyakinan bahwa alam semesta dapat dijelaskan melalui studi fenomena alam. Filsafat ini diyakini diciptakan oleh Thales dan dikembangkan oleh muridnya, Anaximander, serta oleh Plato dan Aristoteles. Menurut pandangan ini, alam semesta diatur oleh beberapa hukum alam yang dapat diketahui melalui penjelajahan filosofis yang hati-hati dan teliti. Aristoteles, khususnya, memiliki pengaruh besar dalam pengembangan konsep-konsep alkimia dengan teorinya tentang empat unsur dan substansi.
3. Gnostisisme
Komponen ketiga yang dimasukkan ke dalam filsafat hermetis oleh bangsa Yunani adalah gnostisisme. Keyakinan ini tersebar luas di Kekaisaran Romawi Kristen dan berpendapat bahwa dunia tidak sempurna karena diciptakan dengan cara yang cacat. Menurut kaum Gnostik, mempelajari sifat materi spiritual akan menuntun manusia ke keselamatan. Mereka juga meyakini bahwa Tuhan tidak "menciptakan" alam semesta dalam makna klasik, melainkan bahwa alam semesta diciptakan "dari-Nya", tetapi kemudian rusak. Bagi kaum Gnostik, dosa adalah akibat dari ketidaktahuan, bukan pelanggaran terhadap Tuhan.
4. Konsep Empat Unsur
Sebuah konsep yang sangat penting yang diperkenalkan pada masa ini adalah teori tentang empat unsur yang berasal dari Empedocles dan dikembangkan oleh Aristoteles. Menurut Aristoteles, semua hal di alam semesta terbentuk dari hanya empat unsur: tanah, udara, air, dan api. Setiap unsur memiliki lingkup asalnya dan akan kembali ke tempat asalnya jika tidak terganggu. Aristoteles berpendapat bahwa keempat unsur ini lebih merupakan aspek kualitatif materi daripada kuantitatif sebagaimana unsur kimia modern.
Menurut Aristoteles:
"...Alkimia sejati tak pernah menganggap tanah, udara, air, dan api sebagai zat fisik atau kimia sebagaimana makna katanya pada masa kini. Keempat unsur ini sederhananya adalah sifat-sifat primer dan umum. Melalui sifat-sifat ini, zat nirbentuk dan kuantitatif dari semua benda mewujudkan dirinya dalam bentuk-bentuk yang jelas".
5. Pengaruh Mistisisme
Para alkimiawan selanjutnya mengembangkan aspek mistis dari konsep ini secara luas. Filsafat alkimia Yunani tidak hanya mencari penjelasan material bagi fenomena alam, tetapi juga mencari makna batiniah dan spiritual. Mereka percaya bahwa perubahan material juga mencerminkan perubahan spiritual. Dengan demikian, transformasi logam biasa menjadi emas dipandang sebagai simbol pencapaian kesempurnaan spiritual.
Alkimia di Era Yunani Kuno adalah hasil dari perpaduan antara filsafat hermetis Mesir dan berbagai tradisi filosofis Yunani. Filsafat Pythagorean, pemikiran Ionia, dan gnostisisme semuanya berkontribusi pada perkembangan alkimia Yunani. Konsep empat unsur Aristoteles memberikan dasar bagi pemahaman material dan spiritual tentang alam semesta, yang kemudian dikembangkan lebih lanjut oleh para alkimiawan dalam tradisi mistis dan esoteris. Alkimia Yunani, dengan demikian, menjadi jembatan penting antara ilmu pengetahuan kuno dan pemikiran mistis, yang terus mempengaruhi tradisi alkimia di masa-masa berikutnya.
H. Alkimia di Kekaisaran Romawi