Di Agresi Belanda II, para negara tetangga ikut mengecam sikap Belanda kepada Indonesia yang dinilai merusak tatanan negara Indonesia. Penyelesaian konflik ini dimana ketika itu KTN berubah menjadi UNCI. Disaat itu pula Dewan Keamanan PBB menggelar sidang di Lake Succes dekat kota New York. Perdebatan diruang persidangan bergolak, pihak Belanda dan negara lain saling membantah pendapat serta menolak beberapa kali usulan yang dilontarkan.
"Saya tidak setuju apabila Indonesia...", kata pihak Belanda lalu langsung disebrangi oleh ucapan Amerika "Kami pihak Amerika memiliki usulan untuk menghentikan pertempuran dan mendesak Anda pihak Belanda untuk memulai perundingan serta menyerahkan kedaulatan kepada Indonesia". Usulan ini disebut dengan resolusi PBB.
"Kami sangat tidak seteuju dengan usulan kalian, kami dengan tegas menolak usulan tersebut", kata pihak Belanda. Dewan Keamanan PBB pun mengambil sikap tegas dua bulan setelah resolusi itu dikeluarkan. Mereka sepakat untuk melakukan pertemuan pendahuluan yaitu Perjanjian Roem-Royen. Nama ini diambil dari delegasi Mohammad Roem dari Indonesia dan Herman van Roijen dari Belanda.  "Atas sikap penolakan Belanda kemarin, maka kita lanjutkan dengan melakukan perundingan pendahuluan. Kami sepakat untuk menyebut perundingan ini dengan nama perundingan Roem-Royen yang diambil dari dua nama delegasi antar dua negara", hadirin yang datang dalam perundingan tersebut mengharapkan Belanda agar mau menyelesaikan permasalahan dengan Indonesia dan memberikan pengakuan kedaulatan. Suasana di ruangan sangat ramai  para delegasi memegang kertas yang berisikan tulisan-tulisan untuk perdamaian antar kedua negara. Dengan waktunya yang mungkin tidak lama dan tidak juga singkat, akhirnya mampu menghasilkan suatu kesepakatan yang dinilai adil bagi kedua negara. Keputusan ini terdiri dari pengembalian pemerintahan RI ke Yogyakarta, pasukan Belanda ditarik dari Yogyakarta, dan Koferensi Meja Bundar diusulkan di Den Haag, Belanda.
Simpati India terhadap Indonesia sangat besar, India dengan Birma menyelenggarakan Konferensi Asia mengenai Indonesia di New Delhi. Konferensi dipimpin langsung oleh Perdana Menteri India bernama Jawaharlal  Nehru. "Kami selaku negara-negara didunia mengecam keras dan mengutuk atas kejadian yang terjadi di Indonesia yaitu adanya Agresi militer II Belanda". "Pemerintah Birma sepakat untuk mendukung Indonesia dan memberi bantuan dengan mengizinkan pesawat Indonesia Airways Dakota RI-001 Seulawah untuk beroperasi di Birma. Kami juga akan memberikan radio yang bisa dipakai Indonesia untuk membangun jaringan komunikasi radio antara pusat RI di Jawa, PDRI di Sumatera, Perwakilan RI di Rangoon, dan juga Perutusan RI untuk PBB di New York", kata seorang pemerintah Birma mengatakan itu dengan lantang dan tegas. Semua hadirin setuju untuk membantu Indonesia, dan memberikan dukungan kepada Indonesia.
Sesuai perjanjian Roem-Royen, Belanda menarik pasukannya dari Yogyakarta pada 29 Juni 1949. Kemudian tanggung jawab keamanan diberikan kepada Sri Sultan Hamengkubuwono IX. Saat itu juga atas usulan dari pimpinan UNCI, presiden Soekarno dan tokoh Indonesia lain seperti Hatta, Syahrir, Agus Salim kembali dari pengasingan di Bangka ke Yogyakarta pada 6 Juli 1949. "Pada tanggal 27 Juni 1949 kami mendengar radio yang mengatakan bahwa Sultan Hamengkubuwono pada tanggal 30 Juni akan engambil alih kekuasaan di Yogyakarta dari Belanda. Diduga bahwa kami di Bangka akan kembali ke Yogya tanggal 5-6 Juli 1949", kata Hatta dalam bukunya.
Belanda semakin gencar mempropagandakan Republik Indonesia sudah tidak ada lagi dan berada dibawah kekuasaan Belanda. Serangan Umum 1 Maret mematahkan propaganda Belanda, akibatnya desakan dari dunia Internasional terhadap penyerahan kedaulatan Indonesia semakin kuat. Hal tersebut terpaksa membuat Belanda untuk menggelar perundingan lanjutan. Dewan Keamanan PBB melalui UNCI mendesak Belanda sehingga Konferensi Meja Bundar akan siap dilaksanakan. Hari yang diyakini akan membawa kebahagiaan ini akhirnya akan dilalui. Pada 23 Agustus 1949, Konferensi Meja Bundar diselenggarakan di Den, Haag yang dihadiri delegasi Indonesia, Belanda, BFO, dan UNCI. Delegasi Indonesia dipimpin Mohammad Hatta, delegasi Belanda dipimpin JV. Maarseven, delegasi BFO dipimpin Sultan Hamid dan UNCI diketuai oleh Chritchley. Konferensi dipimpin oleh perdana menteri Belanda Willem Drees.
Para tokoh penggerak kedaulatan Indonesia berbondong-bondong pergi ke Den Haag menaiki pesawat Indonesia. "Saya pergi dulu ke Den Haag, Belanda. Doakan supaya Indonesia segera dapat pengakuan kemerdekaan dari Belanda", kata Hatta. "Semoga selamat sampai tujuan Bung, Aamiin", kata seorang golongan muda di istana merdeka. Â Segeralah pergi Mohammad Hatta ke Belanda bersama tokoh bangsa lain. Sesudah sampai di Den Haag, mereka disambut hangat oleh delegasi lain. "Selamat datang Tuan Hatta, silahkan masuk, Anda sudah ditunggu para delegasi lain", ucap seorang petugas di depan ruangan. "Terimakasih Tuan", kata Hatta dengan senyum.
Konferensi meja bundar pertama banyak mengalami kekacauan, ditambah sikap Belanda yang selalu menentang usulan para delegasi dan juga muncul persoalan-persoalan kerjasama juga tentang utang Belanda. Setalah perundingan yang berlarut-larut, maka pada tanggal 2 November 1949 tercapailah persetujuan KMB dengan hasil utamanya yaitu:
- Belanda akan menyerahkan kedaulatan kepada RIS pada akhir Desember 1949.
- Diputuskan beberapa persetujuan pokok yang terkait dengan masalah keuangan, ekonomi, sosial budaya.
- Mengenai Irian Barat, penyelesaiannya akan ditunda selama satu tahun.
- Persetujuan KMB memuat ketentuan mengenai pembentukan APRIS dengan TNI sebagai inti. KNIL akan dibubarkan dan anggotanya akan masuk APRIS.
- Kerajaan Belanda akan membentuk Uni Indonesia-Belanda.
- Indonesia akan membayar utang Belanda sejak tahun 1942.
Persetujuan ini akhirnya mengakhiri konflik antara Indonesia dan Belanda yang ditanda tangani di Den Haag. Belanda akhirnya mengakui kemerdekaan kedaulatan Indonesia. Tepat pada pagi hari 23 Desember 1949, Hatta berangkat ke Belanda memimpin delegasi RIS. Misi utamanya untuk menandatangani naskah pengakuan kedaulatan dari pemerintah Belanda. Upacara ini diselenggarakan bersama baik Indonesia maupun Belanda dengan sebuah upacara pada 27 Desember 1949. Wakil kerajaan Belanda menyerahkan kedaulatan formal kepada pemerintah Indonesia Serikat di Jakarta yang diwakili oleh Sultan Hamengkubuwono IX.
Para penandatangan yang hadir yaitu Ratu Juliana, Perdana Menteri Dr. Williem Drees, Mohammad Hatta, Sultan Hamengkubuwono IX, serta AHJ. Lovink bersama-sama menandatangani naskah penyerahan kedaulatan. Amerika Serikat menjadi negara pertama yang membuka perwakilan diplomatik di Jakarta setelah penyerahan kedaulatan Belanda kepada RIS. "Dengan ini kami pihak Belanda menyerahkan kedaulatan kepada Republik Indonesia Serikat", kata Belanda. RIS pun menjadi Negara Kesatuan Republik Indonesia, dan Bung Hatta menjadi wakil presiden kembali.
"Alhamdulillah berkat rahmat Tuhan Yang Maha Esa dan berkat perjuangan para penggerak bangsa dalam meperjuangkan pengakuan kedaulatan Indonesia, hari ini Indonesia benar-benar sudah mendapat pengakuan kedaulatan dari Belanda", kata Hatta sambil mengusapkan kedua telapak tangannya ke wajah lalu berjalan keluar ruangan untuk menghirup udara segar. Sebagai ungkapan rasa syukur Hatta kepada Tuhan Yang Maha Esa, Hatta pun setiap hari selalu menikmati kenikmatan yang diberikan Tuhan. Presiden Soekarno dan para temannya yang lain sudah pulih kembali semangatnya untuk menata negara Indonesia menjadi negara yang makmur dan bersih dari penjajahan.
