Tragedi 1965-1966:
meskipun komnas ham telah menyelidiki pelanggaran ham berat terkait peristiwa ini, hingga saat ini belum ada proses hukum yang dilanjutkan. Pemerintah memilih penyelesaian non-yudisial melalui rekonsiliasi, yang menuai kritik dari berbagai pihak.
Kasus penghilangan orang secara paksa (1997-1998):
komnas ham telah menyerahkan hasil penyelidikan kepada kejaksaan agung, tetapi kasus ini tidak pernah dilanjutkan ke pengadilan.
Keterbatasan kewenangan:
Komnas ham hanya memiliki wewenang memberikan rekomendasi. Keputusan akhir bergantung pada kejaksaan agung dan pemerintah, yang sering kali tidak menindaklanjuti rekomendasi tersebut.
Tekanan politik:
Dalam beberapa kasus, komnas ham menghadapi tekanan dari pihak-pihak tertentu, terutama terkait pelanggaran ham berat yang melibatkan militer atau pejabat tinggi negara.
Kurangnya dukungan anggaran:
Keterbatasan dana dan sumber daya sering menjadi hambatan dalam pelaksanaan tugas komnas ham, terutama dalam penyelidikan kasus di daerah terpencil.
Fakta dan data terkait kinerja komnas ham
Kasus ham yang belum tuntas:
Dari data komnas ham, setidaknya ada 12 kasus pelanggaran ham berat yang masih mandek di kejaksaan agung, termasuk kasus wasior dan wamena di papua.