Anomali dalam Teori Evolusi Darwin semakin banyak sehingga kita membutuhkan suatu teori evolusi baru. Ada masalah serius dengan teknik filogenetik cladistics yang menjadi dasar bagi Pohon Evolusi yang berpotensi meruntuhkan Teori Evolusi Darwin secara keseluruhan. Evolusi adalah nyata fakta sains, tapi pemahaman kita tentang evolusi tidak harus mengikuti Model Evolusi Darwin. Dibutuhkan teori yang lebih komplit untuk menjelaskan semua fakta biologi yang ada sehingga segala sesuatunya sinkron dan kompatibel.
Analogi
Sebagaimana mendirikan bangunan, maka yang pertama harus dibangun adalah pondasi, lalu tiang, terus dinding dan terakhir atap. Kehidupan hayati juga analogi dengan itu. Kehidupan hayati terikat dengan interaksi dinamis dalam ekosistem secara keseluruhan, dengan habitat sebagai platform dan rantai makanan sebagai motor yang menggerakkan.
Rantai Makanan Sebagai Satu Paket Evolusi
Sebelum spesies dekomposer hadir, maka spesies yang berperan sebagai produsen dan konsumen harus ada terlebih dahulu. Spesies dekomposer seringkali hanya menjalankan fungsi spesifik pada spesies tertentu secara spesifik, maka eksistensi spesies yang menjadi "medan tugasnya" itu harus ada terlebih dahulu.Â
Spesies dekomposer yang biasanya adalah bakteri dan jamur justru hadir belakangan setelah spesies produsen dan konsumen ada di Bumi ini. Arah evolusi pada titik ini berbalik dari organisme kompleks ke organisme sederhana. Sementara teori evolusi secara umum mengatakan bahwa sistem biologi yang kompleks berasal dari sistem biologi yang sederhana. Paradog seperti ini apakah bisa diterima dalam sebuah teori evolusi?
Kemudian produsen harus ada lebih dahulu dari konsumen. Konsumen tingkat pertama harus hadir sebelum hadir konsumen tingkat kedua dan ketiga. Sementara sebelum produsen harus ada spesies yang menyediakan media bagi tumbuh kembang yang baik bagi produsen.
Bakteri yang hidup di media ekstrim seperti sangat panas, sangat dingin, sangat asam, sangat basa, radioaktif, dan mengurai nitrogen, kalsium, fosfor, dan karbondioksida dari batuan merupakan kehidupan hayati pertama. Mereka memberikan media untuk hadirnya produsen. Pada titik ini, bakteri bertindak sebagai organisme pelopor.
Bakteri dan jamur selain berfungsi sebagai organisme pelopor juga berperan sebagai organisme dekomposer. Peran yang berbeda itu melibatkan spesies bakteri dan jamur yang berbeda. Peran sebagai dekomposer menunjukkan bahwa mereka wajib ada pada setiap tahap evolusi. Sementara Bumi semakin ramah bagi kehidupan, maka seharusnya organisme pelopor tidak dibutuhkan lagi dalam keseluruhan ekosistem. Anomali jika sampai detik ini organisme pelopor masih ada. Mekanisme apa yang mempertahankan eksistensi organisme pelopor tersebut?
Walaupun fungsi sebagai produsen dijalankan oleh tumbuhan, tapi tidak semua tumbuhan menjadi produsen. Konsumen, terutama yang tingkat satu, hanya secara spesifik memakan tumbuhan tertentu. Jadi apa yang memicu kehadiran spesies-spesies  tumbuhan yang tidak bekerja sebagai produsen?
Tumbuhan perintis seperti lumut misalnya menjalankan fungsi bukan sebagai produsen. Tumbuhan perintis membukakan jalan bagi tumbuhan yang lebih kompleks. Tumbuhan perintis seperti ini apa lagi fungsinya di masa geologi seperti saat ini? Apakah eksistensi biologi harus berkorelasi dengan fungsi tertentu secara spesifik?
