Jilid 1| Bumi Manusia, adalah kisah awal pertemuan Minke dengan Nyai Ontosoroh dan Annelies. Ini adalah fase di mana kita mengenal karakter tokoh-tokoh dalam Bumi Manusia dan peran mereka dalam kehidupan Minke, terutama sekali asal muasal kisah Nyai Ontosoroh yang semula bernama Sanikem yang dijual ayahnya kepada lelaki Belanda untuk menjadi gundik alias Nyai.Â
Kisah dalam Bumi Manusia ditutup dengan kematian Herman Mellema, Pengadilan atas hak asuh Annelies Mellema dan kematian Annelies karena depresi di kampung halaman ayahnya. Ini adalah kisah tentang perjuangan yang heroik sekaligus kekalahan, dari relasi kuasa yang memang tidak seimbang antara perempuan pribumi (Nyai Ontosoroh) melawan lelaki Belanda (Maurits Mellema). Â
Jilid 2| Anak Semua Bangsa, adalah tentang hak milik yang direprentasikan atas lahan dan hak asuh anak. Kekalahan Nyai Ontosoroh dan Minke atas Annelies di pengadilan Belanda berbuntut panjang, yaitu dirampasnya perkebunan dan pabrik susu Boederij Buitenzorg yang telah dikelola Nyai Ontosoroh selama 20 tahun oleh Ir. Maurits Mellema.Â
Lelaki itu tak lain merupakan anak Herman Mellema dan istri sahnya, yang ternyata merupakan pahlawan perang Belanda dalam melawan Inggris di Afrika Selatan. Setelah kehilangan Annelies, perkebunan dan pabrik susu, ia juga harus kehilangan anak sulungnya yaitu Robert Mellema yang mati karena sipilis di Los Angeles, Amerika serikat. Setelah kehilangan segalanya, Nyai Ontosoroh pindah ke pondokan bambu dan memulai usaha barunya di bidang rempah-rempah bermodal tabungannya selama 20 tahun.Â
Jilid 3| Jejak Langkah, adalah tentang kebangkitan, cinta yang baru dan kehilangan yang lain. Dalam buku ini dikisahkan Minke kembali belajar di STOVIA yang kemudian dikeluarkan dan beasiswanya dicabut karena menulis resep untuk mengobati Ang San Mei. Kekasihnya ini rupanya aktivis pergerakan dari Tingkok yang menyelundup ke Hindia Belanda.Â
Setelah menikahi Ang San Mei dan berharap hidup bahagia, rupanya Minke harus kembali kehilangan karena istrinya meninggal karena sakit. Suasana duka tak menyurutkan langkahnya untuk terus menyuarakan keadilan. Ia kemudian kembali menikah dengan seorang Puteri Raja Maluku bernama Prinses Van Kasurita.Â
Sayangnya, gara-gara Medan Prijaji menerbitkan tulisan Marko yang mengkritik ulah seorang pejabat Belanda yang melayat ke Rembang karena kematian suami Kartini dalam rombongan sangat besar, Minke harus mengalami kerugian besar. Seluruh perusahannya ditutup, rumahnya disita dan rekening bank miliknya dibekukan. Ia juga harus berpisah dengan istrinya karena diasingkan ke Ambon. Â
Jilid 4| Rumah Kaca, adalah jilid terakhir yang diceritakan menggunakan sudut pandang Aku (dengan tokohnya bernama Pangemanann). Lelaki asal Menado itu merupakan seorang Ajun Komisaris yang bertugas mengawasi gerak-gerik Minke dan kemudian menangkapnya. Sebagai pejabat kolonial dia bertugas mengawasi gerak-gerak pemuda pergerakan seperti Minke.Â
Tokoh Pangemanann ini yang mengantarkan Minke ke pembuangannya, dan menjemputnya, serta menguburkannya dalam kesunyian. Dalam buku ini kita mendapati bahwa tokoh Pangemanan ini amat stress dalam menjalankan tugasnya, di mana terdapat perang batin yang tarik menarik antara menjadi petugas kolonial yang berprestasi atau berpihak pada perjuangan para pemuda pergerakan.Â
Pangemanann yang stress sering mabuk-mabukan yang membuat istrinya meninggalkannya dengan membawa serta dua anak mereka ke Perancis.Â
Tetralogi Pulau Buru adalah tentang perlawanan dan kehilangan. Dalam memperjuangkan kebebasan, Minke harus menghadapi kematian. Dalam tegak berdiri melawan ketidak adilan Nyai Ontosoroh harus kehilangan keluarga kecilnya, menantunya dan perusahaannya. Ia bahkan harus pindah ke Paris demi bisa hidup lega. Sementara Pangemanann kehilangan jati dirinya dan keluarganya demi menjalankan tugasnya sebagai polisi kolonial.Â