Antara lain karena gagal membubarkan HMI, maka PKI sudah siap main kayu, main kekerasan. PKI takut didahului umat Islam untuk merebut kekuasaan dari pemerintahan yang sah, maka meletuslah pemberontakan G30S/PKI 1965.
f.Fase Kebangkitan HMI Sebagai Pejuang Orde Baru dan Pelopor Kebangkitan Angkatan 66 (1966-1968)
1.Tanggal 1 Oktober adalah tugu pemisah antara Orde lama dan Orde baru
2.Apa yang disinyalir PKI, seandainya PKI gagal membubarkan HMI, HMI akan tampil kedua kalinya untuk memberantas PKI
3.Wakil ketua PB HMI tanggal 25 Oktober 1965 mengambil inisiatif mendirikan Kesatuan Aksi Mahasiswa Indonesia (KAMI)
4.Tritura 10 Januari 1966
5.Surat perintah sebelas maret 1966
6.Dibubarkan dan dilarangnya PKI tanggal 12 Maret
7.Kabinet Ampera terbentuk, HMI diajak hearing pembentukan kabinet dan alumni HMI masuk kabinet
g.Fase Partisipasi HMI dalam Pembangunan (1969-sekarang)
Setelah Orde Baru mantap dan Pancasila serta UUD 1945 sudah dilaksanakan secara murni dan konsekuen, maka sejak tanggal 1 April 1969 dimulai rencana pembangunan 5 tahun dan sudah menyelesaikan pembangunan 25 tahun pertama, kemudian menyusel pembangunan 25 tahun kedua. Pembangunan Indonesia menuju masyarakat adil dan makmur bukanlah pekerjaan mudah. Tetapi sebaliknya merupakan pembangunan raksasa sebagai usaha kemanusiaan yang tidak habis-habisnya. Partisipasi segenap warga negara sangat dibutuhkan. HMI pun sesuai dengan lima aspek memikirannya, telah memberikan sumbangan dan partisipasinya dalam pembangunan: (a) partisipasi dalam pembentukan suasana, (b) partisipasi dalam pembentukan konsep-konsep dalam berbagai aspek pemikiran: (partisipasi dalam bentuk langsung dalam pembangunan)
