Pertama, tantangan internal , kajian tentang HMI saat ini memnunjukan bahwa dalam kehidupan skarang dan mendatang, HMI ditantang:
1.Masalah eksistensi dan keberadaan HMI, seperti menurunnya jumlah mahasiswa baru masuk HMI, tidak terdapatnya HMI di berbagai perguruan tinggi, institut, fakultas, akademi, program studi, sebagai basis HMI.
2.Masalah relevansi pemikiran-pemikiran HMI, untuk melakukan perbaikan dan perubahan yang mendasar terhadan berbagai masalah yang muncul yang di hadapi bangsa Indonesia.
3.Masalah peran HMI sebagai organisasi perjuangan yang sanggup tampil dalam barisan terdepan sebagai avant grade, kader pelopor bangsa dalam memanggil inisiatif untuk melakukan berbagai perubahan yang sangat dibutuhkan masyarakat.
4.Masalah efektifitas HMI untuk memecahkan masalah yang dihadapi bangsa, karena banyak organisasi yang sejenis maupun yang lain, yang dapat tampil lebih efektif dan dapat mengambil inisiatif terdepan untuk memberi solusi terhadap problem yang dihadapi bangsa Indonesia.
Sebagai jawabannya, menuntut perpecahan yang bersifat teoritis dan praktis, akan tetapi semuanya bersifat konseptual, integratif, inklusif. Sebab pendekatan yang tidak konseptual, parsial dan ekslusif tidak akan melahirkan jawaban yang efektif. Untuk itu dibutuhkan ide dan pemikiran dari anggota, aktivis, kader, dan pengurus HMI di seluruh jenjang organisasi.
Kedua, tantangan eksternal, berbagai tantangan eksternal juga dihadapkan kepada HMIyang tidak sekala besar dan rumitnya dari tantangan internal, antara lain:
1.Tantangan menghadapi perubahan zaman yang jauh berbeda dari abad ke 20 dan yang muncul pada abad ke 21 ini
2.Tantangan terhadap peralihan generasi yang hidup dalam zaman dan situasi yang berada dalam berbagai aspek kehidupan khususnya yang dialami generasi muda bangsa
3.Tantangan untuk memersiapkan kader-kader dan alumni HMI yang akan menggantikan alumni-alumni HMI yang saat ini menduduki berbagai posisi strategis dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara. Karena regenerasi atau pergantian pejabat-pejabat, suka tidak suka, mau tidak mau pasti terus berlangsung
4.Tantangan menghadapi bahaya abadi komunis
