13.Mendesak pemerintah supaya mengeluarkan Undang-Undang Perguruan Tinggi, tuntutan agar pendidikan agama sejak dari SR sampai Perguruan Tinggi
14.Mengeluarkan konsep “peranan agama dalam pembangunan” dan lain-lain.
Selain masalah internal ini muncul pula persoalan eksternal yang sangat menonjol.justru karena keberhasilan HMI melaksanakan konsolidasi organisasi ada golongan yang iri dan tidak senang kepada HMI yaitu PKI.
Tidak dibubarkan dan dilarangnya PKI akibatnya pemberontakan PKI di Madiun tahun 1948, PKI otomatis mempunyai kesempatan untuk bangkit kembali. Tanggal 21 Februari tahun 1957, presiden Soekarno mengumumkan konsepsinya supaya kabinet berkaki empat dengan unsur PNI, masyumi NU dan PKI (sebagai empat besar pemenang pemilu 1955). Berikutnya di Moskow tanggal 19 November 1957 dicetuskanlah Manifesto Moskow, yaitu satu program untuk mengkomunikasikan penentangan terhadap kebijakan politik presiden Soekarno, dengan manipol udeskya, dengan keputusan presiden nomor 200: tanggal 17 Agustus tahun 1960 Masyumi dipaksa bubar. Untuk menghadapi perkembangan politik, Kongres V HMI di adakan pada 24-31 Desember di Medan yang mengeluarkan dua sikap antara lain:
1.Haram hukumnya menganut ajaran komunis karena bertentangan dengan Islam
2.Menuntut Islam sebagai dasar Negara
e.Fase Tantangan I (1964-1965)
Dendam PKI terhadap HMI yang tertanam karena keikutsertaan HMI dallam menumpas pemberontakan PKI di Madiun tahun 1948, menempatkan HMI sebagai organisasi yang harus bubar, karena dianggap sebagai penghalang bagi tercapainya tujuan PKI. Untuk itu dilakukan berbagai usaha untuk membubarkan HMI.
Sesuai hasil Kongres II Cnsetrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia (CGMI) organisasi mahasiiswa underbow PKI di salatiga, Juni 1961 untuk melekuidasi HMI. PKI, CGMI dan organisasi lainnya yg se-ideologi mulai melakukan gerakan secara terbuka untuk membubarkan HMI. Gerakan pembubaran HMI di sokong seluruh simpatisan dari tiga partai besar yaitu PKI, PATRINDO, dan PNI juga seluruh underbow ketiga partai tersebut yang semuanya berjumblah 42 partai. Untuk membubarkan HMI sekitar Maret 1965, dibentuklah partai aksi pembubaran HMI di Jakarta yang terdiri dari CGMI, GMNI, IPPI, GRMINDO,GMD, MII, Pemuda Marhaenis, Pemuda Rakyat, Pemuda Indonesia, PPI, dan APPI. .
Menjawab tantangan ini, Generasi Muda Islam (GEMUIS), yang terbentuk tahun 1964 membentuk partai solidaritas pembela HMI, yang terdiri dari unsur-unsur pemuda, pelajar, mahasiswa Islam seluruh Indonesia. Bagi umat Islam HMI merupakan taruhan terakhir yang harus dipertahankan setelah sebelumnya masyumi dibubarkan. Kalau HMI sempat bubar, maka satu persatu dari organisasi Islam akan terkena sapu pembubaran.
Namun gerakan pembubaran HMI ini gagal justru dipuncak usaha-usaha pembubaran tersebut dalam acara pembubaran Kongres CGMI tanggal 29 September 1965 di Istora Senayan. Meski PKI terus melakukan provokasi kepada presiden Soekarno, seperti diungkapkan DN Aidit, “kalau anggota CGMI tidak bisa membubarkan HMI, anggota CGMI yang laki-laki lebih baik pakai sarung saja... kalau semua front sudah minta, presiden akan membubarkan HMI” namun ternyata HMI tidak dibubarkan, bahkan dengan tegas presiden Soekarno mengungkapan dalam pidatonya “pemerintah mempunyai kebijakan untuk memberikan kesempatan seluas-luasnya kepada kehidupan organisasi mahasiswa yang revolusioner. Tapi kalau organisasi mahasiswa yang menyeleweng itu menjadi kontra revolusi umpamanya HMI, aku sendiri yang akan membubarkannya. Demikian pula kalau CGMI menyeleweng menjadi kontra revolusi juga akan ku bubarkan. ”
