5.Tantangan menghadapi golongan lain, yang mempunyai misi lain dari umat islam dan bangsa Indonesia
6.Tantangan tentang adanya kerawanan aqidah
7.Tantangan menghadapi kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang terus berkembang tanpa henti
8.Tantangan menghadapi perubahan dan pembaharuan di segala aspek kehidupan manusia yang terus berlangsung sesuai dengan semangat kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sangat kompetitif
9.Tantangan menghadapi masa depan yang belum diketahui bentuk dan coraknya
10.Kondisi umat Islam di Indonesia yang dalam kondisi belum bersatu
11.Kondisi dan keadaan perguruan tinggi serta dunia kemahasiswaan, kepemudaan, yang penuh dengan berbagai persoalan dan problematika yang sangat kompleks.
Pada fase tantangan II ini nampaknya HMI semakin memudar dan mundur yang telah berlangsung 25 tahun sejak 1980-2005. HMI tidak dapat bangkit secara signifikan, bahkan dalam dua periode terakhir PB HMI mengalami perpecahan. Karena itu, menghadapi tantangan tersebut, HMI dengan segenap aparatnya harus mampu menghadapinya dengan penuh semangat dan militansi yang tinggi. Apakah HMI mampu menghadapi tantangan itu, sangat ditentukan oleh pemegang kendali organisasi sejak dari PB HMI, Cabang, Korkom, Komisariat, Lembaga-Lembaga Kekaryaan, serta segenap anggota HMI, maupun alumninya yang tergabung dalam KAHMI sebagai penerus, pelanjut serta penyempurna mission sacre HMI. Peralihan zaman, peralihan generasi, saat ini menentukan bagi eksistensi HMI di masa mendatang.
k.Fase Kebangkitan Kembali (2006-sekarang)
Gelombang keritik terhasdap HMI tentang kemundurannya menghasilkan dua umpan baik. Pertama, telah muncul kesadaran individual dan kolektif dikalangan anggotaaktivis , kader , bahkan alumni HMI serta pengurus sejak dari Komisariat sampai PB HMI, bahwa HMI sedang mengalami kemunduran. Kedua, selanjutnya dari kesadaran itu muncul pula kesadaran baru, baik secara individu dan kolektif dikalangan anggota, aktivis , kader , bahkan alumni dan pengurus bahwa dalam tubuh HMI mutlak dilakukan perubahan dan pembaharuan, supaya dapat bangkit kembali seperti masa jaya-jayanya dulu.
Sampai sejauh mana kebenaran dan bukti adanya indikator-indikator kebangkitan kembali HMI, sejarahlah yang akan menentukan kelak. Kita semua berharap dengan penuh optimistis sesuai dengan ajaran Islam supaya manusia bersikap optimis, agar HMI dapat mengakhiri masa kemundurannya, dan memasuki masa kebangkitannya secara meyakinkan.
