Selama kurang lebih 9 bulan, reaksi-reaksi terhadap HMI barulah berakhir. Masa 9 bulan itu dipergunakan untuk menjawab berbagai reaksi dan tantangan silih berganti, yang semuanya itu untuk mengokohkan eksistensi HMI, sehingga dapat berdiri tegar dan kokoh. Maka diadakan berbagai aktivitas untuk popularitas organisasi dengan mengadakan ceramah-ceramah ilmiah, rekreasi malam-malam kesenian.
Di bidang organisasi, HMI mulai mendirikan cabang-cabang baru seperti kelaten Solo dan Yogyakarta. Pengurus HMI bentukkan 5 Februati 1947 otomatis menjadi PB HMI dan merangkap menjadi pengurus HMI cabang Yogyakarta I. Ada anggapan bahwa HMI hanya untuk mahasiswa STI sehingga untuk menghilangkan anggapan keliru tersebut pada 22 Agustus 1947 PB HMI diresuffle. Ketua Lafran pane digantikan oleh H.M Mintaredja dari Fakultas Hukum BPT GM, sedang Lafran Pane menjadi wakil ketua merangkap Ketua HMI Cabang Yogyakarta.dejak itu mahasiswa BPT GM, STT mulai masuk dan berbondong-bondong menjadi anggota HMI. Di Yogyakarta tanggal 30 November 1947 diadakan Kongres I HMI.
c.Fase Perjuangan Bersenjata dan Perang Kemerdekaan, dan Menghadapi Penghianatan dan Pemberontakan KPI (1947-1949)
Seiring dengan tujuan HMI yang digariskan sejak awal berdirinya maka konsekuensinya dalam masa perang kemerdekaan, HMI terjun ke gelanggang medan pertempuran melawan Belanda, membantu pemerintah baik langsung memegang senjata bedil dan bambu runcing sebagai staf penerangan, penghubung dll.
Untuk menghadapi Madiun 18 September 1948. Ketua PMI/ wakil ketua PB HMI Ahmad Tirtosudiro membentuk Corps Mahasiswa (CM) dengan komandan Hartono, wakil komandan Ahmad Rirtosudiro, ikut membantu pemerintah menumpas pemberontakan PKI di Madiun. Sejak itulah dendam PKI terhadap HMI tertanam dam terus berlanjut sampai puncaknya pada tahun 1964-1965 yaitu gerakan penggayangan terhadap HMI menjelang meletusnya Gestapu/PKI 1965.
Pada fase ini berlangsung peringatan Dies Natalis pertama HMI di Bangsal Kepatihan tanggal 6 Februari 1948, pamglima Angkatan Perang Republik Indonesia Jendral Soedirman memberi sambutan pada peringatan tersebut atas nama pemerintah RI. Jendral Soedirman selain mengartikan HMI sebagai Himpunan Mahasiswa Islam, HMI juga di artikan sebagai Harapan Masyarakat Indonesia. Karena mayoritas bangsa Indonesia beragama Islam, HMI juga diartikan Harapan Masyarakat Islam Indonesia.
Pada fase ini berlangsung pula Kongres Muslim Indonesia II di Yogyakarta tanggal 20-25 Desember 1949 yang dihadiri oleh 185 organisasi, alim ulama dan intelegensia Indonesia. Pada Kongres ini di antara tujuh dari keputusannya di bidang organisasi salah satu keputusannya adalah: Hanya satu organisasi mahasiswa Islam, yaitu HMI yang bercabang di tiap-tiap kota yang ada sekolah tinggi.
d.Fase Pembinaan dan Pengembangan Organisasi (1950-1963)
Selama anggota HMI banyak yang terjun ke medan pertempuran membantu pemerintah mengusir penjajah, selama itu pula pembinaan organisasi HMI terbengkalai. Namun hal ini dilaksanakan dengan sadar, karena ini semua untuk melealisir tujuan HMI sendiri, serta dwitugasnya, yakni tugas agamanya dan tugas bangsanya. Maka dengan adanya pengakuan kedaulatan rakyat tanggal 27 Desember 1949, makasiswa yang berminat melanjutkan kuliahnya bermunculan di Yogyakarta.
Sejak tahun 1950, dilaksanakan usaha-usaha konsolidasi organisasi sebagai masalah besar sepanjang masa. Bulan Juli 1951 PB HMI dipindahkan dari Yogyakarta ke Jakarta. Diantara usaha-usaha yang dilaksanakan selama 13 tahun ini antara lain:
1.Pembentukan cabang-cabang baru
