Selama berlangsungnya agresi militer II ini, aku menggagas pembentukan pemerintahan militer serta perangkat pemerintahan yang terdiri dari pemerintahan pengadilan dan badan administrasi negara yang digagaskan akhirnya terbentuk di daerah daerah basis gerilya. dalam pemerintahan militer ini disusun pedoman kerja yang terdiri dan pertahanan defacto militer, pertahanan de facto pemerintahan, dan pelaksanaan kesejahteraan rakyat.Â
Untuk pelaksanaan pertahanan militer, pemerintahan militer mempunyai pasukan yang mobil dan teritorial atau gerilya desa khususnya dan seluruh rakyat umumnya. Keadaan mobilisasi umum memberi hak kepada pemerintahan militer untuk mengerahkan semua tenaga. Selanjutnya untuk pertahanan de facto pemerintahan dijalankan oleh kepala daerah (residen, bupati dan camat otonomi) atas nama dan di bawah perintah taktis kepala pemerintahan militer.
Berhubung ibukota Yogyakarta jatuh, maka pemerintahan darurat dan pemerintahan pengasingan didirikan di Bukittinggi. Hubungan dengan Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) dan wakil-wakil RI di India terus dilakukan oleh MBKD melalui Radio Republik Indonesia (RRI). Melalui hubungan ini, pemerintah Belanda tidak mampu menghapuskan keberadaan Negara RI dengan TNI nya yang tetap berdiri meskipun dalam ancaman agresi militer mereka.
Setelah pemberontakan di Madiun pangkas dan agresi militer 2 telah selesai. Pada tahun ini 1950 terjadi pergolakan di seluruh wilayah republik Indonesia, seperti pemberontakan DI/TII, APRA, RMS, Andi Azis, dan PRRI/Permesta. Untuk menghadapi berbagai pemberontakan ini, Abdul, aku sebagai KSAD memprakarsai politik keamanan "Kembali ke Pangkuan Republik dan Kembali ke UUD 1945". Usulan ku ini kemudian disetujui oleh Presiden Soekarno.
Dan pada tahun berikutnya pun aku diangkat sebagian kepala staf angkatan darat ( KSAD Ke 2 ) yang aku jabat sampai tahun 1952. Di tahun 1952 bertepatan dengan anak pertama ku lahir ada permasalahan yang aku hadapi, peristiwa tanggal 17 Oktober tahun 1952 aku harus bertanggung jawab dan mengundurkan diri sebagai KSAD. Ku jalani hari hari ku tanpa terlibat dalam kemiliteran. Aku menyibukan diri bersama putri pertama ku. Ku percaya dibalik cobaan yang menghadang ada rencana indah menanti disana.
3 tahun berlalu dengan sangat cepat, ditahun ini aku mendapatkan tawaran untuk bergabung bersama KSAD kembali. Aku pikir karena semuanya sudah membaik aku memberanikan diri untuk bergabung kembali. Akhirnya aku bergabung dengan periode 1955 -- 1962. Aku kembali menjalani hari-hariku seperti biasa. Konsepsi jalan tengah, adalah pidato ku yang disampaikan pada saat diesnatalis akademi militer nasional di Magelang pada bulan November 1958. Sebenarnya konsepsi ini merupakan penjelasan konsepsi presiden Soekarno, yang disusun pada Februari 1957.Â
Dalam Konsepsi Presiden ini, Angkatan Bersenjata dikelompokkan dalam golongan fungsional. Namun belum ada penjelasan khusus di dalam pelaksanaannya. Inti gagasan ku adalah, bahwa tentara sebagai salah satu diantara kekuatan yang menentukan nasib bangsa tidak akan mengambil alih kekuasaan, tetapi akan berpartisipasi dalam pengambilan keputusan pada semua tingkatan. Dalam pandangannya, tentara atau TNI adalah satu dari kekuatan rakyat Indonesia yang bahu membahu dengan kekuatan-kekuatan lainnya. Konsepsi Jalan Tengah inilah yang menjadi konsep dasr Dwifungsi ABRI al ini mengundang reaksi yang cukup keras terutama dari pihak PKI salah satu seorang tokoh PKI M.H. Loekman mendesak agar ABRI kembali saja ke barak.
Dengan reaksi ini, Aku menjawab bahwa keterlibatan ABRI dalam hal ini TNI AD, memiliki dasar hukum yang sah yaitu UUD 1945. TNI AD selaku golongan fungsional mempunyai hak dan kewajiban untuk ikut serta secara aktif dalam masalah-masalah politik kenegaraan.
Dalam periode ini banyak sekali tugas yang harus kujalani. Aku berperan dalam perjuangan membebaskan irian barat baik tingkat politik maupun militer. Langkah awal yang kuambil adalah AH Nasution alisasi perusahaan-perusahaan Belanda. langkah selanjutnya meningkatkan aktivitas perjuangan ke dalam maupun ke luar negeri. Di dalam negeri dibentuk Front Nasional Pembebasan Irian Barat (FNPIB) pada tanggal 4 Januari 1958, yang meliputi unsur-unsur organisasi masyarakat, seperti buruh, tani, wanita, pemuda, dan militer. FNPIB dipimpin oleh ku yang kemudian dikukuhkan melalui keputusan Penguasa Perang Pusat No. KPTS/PEPERPU/013/1958. Organisasi FNPIB, meliputi tingkat pusat sampai ke daerah, bertugas menggalang kekuatan massa.
Sementara itu kenyataan-kenyataan yang dihadapi di bidang diplomasi memaksa Indonesia untuk lebih meningkatkan usahanya pada pembangunan potensi ofensif ABRI. Kemudian pada 1961 selaku KSAD, aku memerintahkan Deputy II KSAD, Brigjen Soeharto untuk membentuk pasukan Cadangan Umum Angkatan Darat (Caduad) yang berkekuatan satu Tentara (Army). Selain itu,aku juga memimpin misi pembelian senjata ke Amerika Serikat dan negara-negara blok Timur. Misi ini juga melakukan kunjungan ke negara-negara Jerman, Inggris, Perancis, dan Yugoslavia. Kemudian dilanjutkan ke Australia, Selandia Baru, Philipina, Thailand, India, dan Mesir. Kontrak pembelian senjata dari Uni Soviet merupakan kontrak pembelian senjata yang terbesar, yang dilakukan oleh misi ku dalam rangka Operasi Pembebasan Irian Barat.
Pada tanggal 11 Desember 1961, dua bulan setelah Komite Nasional Papua dibentuk, Pemerintah membentuk Dewan Pertahanan Nasional (Depertan). Aku diangkat sebagai Deputy II. Di samping itu aku diangkat menjadi Wakil Panglima Besar Komando Tertinggi (KOTI) Pembebasan Irian Barat (Pemirbar). Setahun kemudian, pada tahun 1962 aku selaku Menteri Keamanan Nasional/KSAD juga mengirimkan misi khusus ke luar negeri, dalam upaya menyelesaikan masalah Irian Barat ini Ia juga mengadakan pembicaraan dengan Ketua Partai Katolik Indonesia I.J .Kasimo, dan meminta pimpinan Partai Katolik menghubungi pimpinan Partai Katolik Belanda (KVP) agar dapat mempengaruhi Pemerintah Belanda dalam menyelesaikan masalah Irian Barat tersebut.
