Ketidakselarasan ini bisa berdampak pada kualitas pengajaran dan pada akhirnya memengaruhi keberhasilan implementasi Kurikulum Merdeka dan pencapaian standar kompetensi siswa di seluruh jenjang. Guru mungkin menghadapi kesulitan dalam menyesuaikan pendekatan pembelajaran mereka dengan tuntutan kurikulum yang berbeda di tiap jenjang pendidikan.
4) Kendala dalam Penyediaan Sumber Daya dan Infrastruktur
Fragmentasi kebijakan juga bisa berpengaruh pada penyediaan sumber daya dan infrastruktur pendidikan. Misalnya, penyediaan teknologi untuk pembelajaran, buku pelajaran, dan alat peraga pendidikan yang konsisten di seluruh jenjang memerlukan koordinasi antara kementerian. Jika Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah serta Kementerian Pendidikan Tinggi mengembangkan kebijakan yang berbeda dalam penyediaan sumber daya, ada kemungkinan bahwa standar fasilitas pendidikan di tingkat sekolah dasar dan menengah tidak selaras dengan perguruan tinggi, sehingga memengaruhi kesiapan siswa dalam menghadapi tantangan di jenjang pendidikan berikutnya.
Selain itu, perbedaan kebijakan terkait anggaran pendidikan antar-kementerian bisa menciptakan ketimpangan dalam distribusi sumber daya, terutama di daerah-daerah terpencil yang membutuhkan dukungan lebih untuk menyelaraskan kualitas pendidikan dengan daerah perkotaan.
5) Evaluasi dan Monitoring yang Tidak Terkoordinasi
Evaluasi dan monitoring terhadap implementasi kurikulum dan standar kompetensi juga bisa menjadi lebih kompleks karena tiap kementerian mungkin memiliki parameter evaluasi yang berbeda. Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah mungkin memprioritaskan aspek-aspek tertentu dalam evaluasi pembelajaran siswa, sementara Kementerian Pendidikan Tinggi berfokus pada riset dan inovasi di perguruan tinggi. Hal ini bisa menyebabkan perbedaan dalam cara penilaian kualitas pendidikan di setiap jenjang, yang membuat kesinambungan dalam pengembangan kompetensi siswa menjadi terhambat.
 Selain itu, evaluasi kualitas guru mungkin juga tidak seragam, karena ada dua kementerian yang bertanggung jawab atas jenjang pendidikan yang berbeda. Ini bisa menyebabkan perbedaan standar pengajaran yang diterapkan di sekolah dasar, menengah, dan perguruan tinggi.
6) Potensi Duplikasi Kebijakan
Tanpa koordinasi yang kuat antar-kementerian, ada risiko munculnya duplikasi kebijakan. Misalnya, kebijakan yang menyangkut pengembangan pendidikan vokasional di tingkat sekolah menengah dan pendidikan tinggi mungkin dikembangkan oleh dua kementerian secara terpisah, tanpa ada upaya untuk menyatukan visi dan tujuan. Ini dapat menyebabkan efisiensi yang rendah dalam pelaksanaan kebijakan pendidikan dan penggunaan sumber daya yang tidak optimal.
Meskipun pembagian kementerian bertujuan untuk menciptakan fokus yang lebih spesifik dalam penanganan masalah pendidikan, riset, dan kebudayaan, potensi fragmentasi kebijakan tidak dapat diabaikan. Ketidakselarasan dalam pengembangan kurikulum, standar kompetensi, pelatihan guru, dan penyediaan sumber daya bisa menjadi hambatan serius jika tidak ada koordinasi yang kuat antar-kementerian. Oleh karena itu, penting bagi pemerintah untuk memastikan adanya mekanisme kolaborasi yang efektif di antara ketiga kementerian ini, agar tujuan meningkatkan kualitas pendidikan di semua jenjang tetap tercapai tanpa adanya fragmentasi yang merugikan.
b. Biaya Tambahan