Ada pula lapisan fosil ganggang atau diatomae, yang berwarna putih seperti batu kapur, melapisi sebagian besar tanah di Pulau Samosir.
2. Biodiversity
Biodiversity Danau Toba ditunjukkan melalui potensi agrowisata yang tumbuh subur di sekeliling Danau Toba. Perkebunan kemenyan (Styrax paralleloneurum) atau dalam bahasa lokal disebut haminjon misalnya, berlokasi di Tapanuli Utara, Humbang Hasundutan dan sekitarnya.
Perkebunan kopi, umumnya jenis arabica seperti kopi Sigarar Utang, Lintong, Sidikalang, dan Mandailing juga banyak dikelola oleh warga setempat.
Ada pula bank pohon dan budidaya tanaman lokal seperti andaliman, hariara, andalehat, tahul-tahul, sampinur, dan lain-lain.
Selain tanaman keras, Danau Toba juga kaya akan jenis anggrek hutan. Tanaman ini tumbuh dan berkembang di Hutan Wisata Taman Eden di Desa Sionggang, Kecamatan Lumban Julu, Toba Samosir.
Danau Toba identik dengan wisata air. Danau yang merupakan kaldera hasil letusan gunung berapi ini memiliki tinggi permukaan 900mdpl.
Komunitas biota yang terkandung di dalamnya cukup beragam seperti plankton, ikan endemik Danau Toba Neolissochilus thienemanni, hewan bentik atau hewan di dasar perairan, dan tumbuhan air.
3. Cultural Diversity
Secara demografi, Danau Toba berada di Provinsi Sumatera Utara dan dilingkupi oleh tujuh kabupaten. Wilayah-wilayah tersebut tidak hanya memiliki potensi alam, tetapi juga sejarah, dan budaya berbeda satu sama lain.
Perbedaan karakteristik masing-masing wilayah tersebut berpeluang menarik wisatawan untuk berkunjung dan tinggal lebih lama. Tujuh kabupaten tersebut adalah Kab. Simalungun, Kab. Toba Samosir, Kab. Tapanuli Utara, Kab. Humbang Hasundutan, Kab. Samosir, Kab. Dairi, dan Kab. Karo.
