Dalam transkrip, anggota tim meminta Subagyo mencari hubungan antara hilangnya empat aktivis pada puncak kerusuhan dengan penculikan para aktivis yang terjadi sebelumnya. Tetapi Subagyo, setidaknya dalam catatan, tidak berhasil menemukannya. Tapi pada laporan akhir, tetap dilukiskan hubungan antara penculikan Prabowo sebelum Mei dan kerusuhan massal di bulan Mei.
Transkrip dan kesaksian yang disampaikan oleh Prabowo dan Syafrie kepada TGPF tentang kegiatan mereka antara tanggal 12-14 Mei menyebutkan informasi yang sama dari yang mereka katakan pada saya selama hampir 20 bulan kemudian. Hampir semua anggota TGPF yang saya temui menolak bahwa telah terjadi adanya campur tangan dari luar yang mempengaruhi penyelidikan. Beberapa anggota mengatakan bahwa mereka tidak terpengaruh oleh prasangka mereka sendiri atau tentang rumor keterkaitan Prabowo dengan kerusuhan.
Tanggal 12 Oktober 1998, TGPF memanggil KSAD Subagyo dalam kapasitasnya sebagai ketua Dewan Kehormatan Perwira yang menyelidiki Prabowo. Dalam transkrip, anggota tim meminta Subagyo mencari hubungan antara hilangnya empat aktivis pada puncak kerusuhan dengan penculikan para aktivis yang terjadi sebelumnya. Tetapi Subagyo, setidaknya dalam catatan, tidak berhasil menemukannya. Tapi pada laporan akhir, tetap dilukiskan hubungan antara penculikan Prabowo sebelum Mei dan kerusuhan massal di bulan Mei.
Ketua Komisi Orang Hilang dan Korban Kekerasan (KONTRAS), Munir, tidak melihat adanya suatu hubungan. "Pada bulan Mei, saya melihat adanya pergerakan di dalam elit politik yang mendorong berubahnya situasi politik," katanya. "Ini berbeda dengan penculikan-penculikan, yang merupakan sebuah konspirasi untuk mempertahankan sistem."
Salah satu anggota TGPF, I Made Gelgel, melihat masalah ini adalah dari cara menafsirkarmya. "Itu tidak masuk akal," katanya. "Di satu sisi Pra-bowo ingin melindungi kekuasaan mertuanya, dan pada sisi lainnya merancang kerusuhan."
KUDETA
Pada 30 Juni 1998, Habibie mengatakan Prabowo telah menekannya. Menurut Hartono Mardjono, Habibie menerima laporan dari ajudannya, Letjen Sintong Panjaitan, bahwa kediaman Habibie telah dikepung oleh pasukan Kostrad dan Kopassus. Menurut Presiden Habibie, Panjaitan telah menyelamatkan keluarganya dengan menerbangkan mereka ke Istana Negara. Mardjono mengatakan bahwa dia keberatan dengan cerita Habibie. Dia berkata, mustahil Prabowo akan menyerang Habibie sejak dipastikan hari jatuhnya Soeharto.
Habibie menceritakan cerita yang sama pada Sunday Times yang terbit di London, "Rumah saya telah dikelilingi oleh dua kelompok pasukan," katanya dalam sebuah wawancara yang diterbitkan tanggal 8 November 1998, bahwa, "pasukan pertama adalah pengawal reguler yang bertanggung jawab kepada Jenderal Wiranto, yang diperintahkan berpatroli melindungi saya, dan satunya lagi pasukan Kostrad yang bertanggung jawab pada Prabowo."
Inti permasalahan semua versi cerita Habibie adalah bahwa pasukan yang melindungi kediamannya diperintahkan untuk berada di sana tidak oleh Prabowo, tetapi oleh Wiranto.
Pada 15 Februari 1999, Habibie berkata di depan sekumpulan jurnalis Asia dan Jerman di Jakarta: "Pasukan-pasukan itu atas perintah seseorang yang namanya tidak akan saya sembunyikan, Jenderal Prabowo, berpusat di beberapa tempat, termasuk rumah saya." Pada waktu itu Habibie mengindikasikan bahwa Wiranto telah melaporkan situasi tersebut kepadanya dan melindunginya.
Inti permasalahan semua versi cerita Habibie adalah bahwa pasukan yang melindungi kediamannya diperintahkan untuk berada di sana tidak oleh Prabowo, tetapi oleh Wiranto. Pada briefing komando 14 Mei, Pangab telah memerintahkan Kopassus menjaga kediaman Presiden dan Wakil Presiden. Perintah itu ditetapkan secara tertulis pada 17 Mei kepada perwira senior, termasuk Syafrie, Komandan Garnisun pada waktu itu, yang menunjukkan salinan perintah itu pada saya. Dalam pernyataannya di depan parlemen pada 23 Februari 1999, Wiranto mengatakan, "Tidak ada percobaan kudeta."
Prabowo yakin dirinya mampu merebut kekuasaan pada hari-hari kekacauan Mei 1998. Tapi intinya, dia tidak melakukannya. "Keputusan untuk memecat saya adalah sah," ucap Prabowo. "Saya tahu kebanyakan pasukan saya akan mematuhi perintah saya. Tapi saya tidak ingin mereka mati karena berperang membela jabatan saya."
Ketika saya meminta Habibie untuk menanggapi pernyataan tegas Prabowo, ajudannya Dewi Fortuna Anwar menyampaikan pada saya, "Pak Habibie tidak harus membuat sanggahan langsung mengenai pernyataan Prabowo."