 Terlebih, di era Reformasi, di berbagai daerah berupaya mendirikan Perguruan Tinggi entah swasta maupun Negeri. Dan' di Maluku Utara sendiri memiliki 22 Perguruan Tinggi, sehingga persaingan antar Perguruan Tinggi sangat jelas terlihat.
Dan' upaya yang dilakukan oleh tim alih status STAIN Ternate, kemudian direspon dengan diterbitkan Peraturan Presiden Nomor 54 tahun 2013 tentang perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ternate, menjadi Institut Agama Islam negeri Ternate.
Disertai dengan diterbitkan Peraturan Menteri Agama nomor 95 tahun 2013 tentang Organisasi dan tata kerja IAIN Ternate, maka pada tanggal 10 Januari 2014 IAIN Ternate diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia Surydharma Ali dan sekaligus melantik Dr. Abd. Rahman Ismail Marasabessy, M.Ag selaku Rektor, sehingga pada 10 Januari selalu dikenang sebagai hari bersejarah untuk IAIN Ternate.
Terus Melaju menuju transformasi ke UIN
Setelah diresmikan pada Jumat (10/1/2014), IAIN Teernate hingga kini memiliki 4 Fakultas di antaranya: Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK), Fakultas Syariah, Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD) serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI), Sedangkan secara keseluruhan program studi di IAIN Ternate berjumlah 19 prodi (S-1), kampus ini juga memiliki program Pascasarjana (S-2) yang mengelola 3 prodi, yakni prodi Pendidikan Agama Islam (PAI), prodi Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan prodi Hukum Keluarga Islam (HKI).
Dengan jumlah program studi tersebut, tentu juga didukung dengan sarana perkuliahan yang hingga kini dapat dikatakan sangat representatif. Lantaran di setiap fakultas dilengkapi dengan laboratorium, seperti Laboratorium MIPA, Laboratorium Penyiaran, Laboratorium Bahasa, Laboratorium CBT, Laboratorium Peradilan, Bank Mini, dan Studio Musik.
Dan, salah satu unsur penting pendukung proses perkuliahan mahasiswa adalah keberadaan sistem informasi (jaringan internet), yang bisa diakses secara gratis oleh seluruh mahasiswa, tenaga pendidik, dan tenaga kependidikan.
Sehingga, untuk merespon transformasi digital dalam bidang layanan akademik, dan mendukung proses belajar mahasiswa. Maka, IAIN Ternate menyiapkan kapasitas internet yang boleh disebut "terkuat" dengan kapasitas 200 MBPS.
Selain ketersediaan jaringan internet, IAIN Ternate miliki fasilitas digital, seperti: Sistem Informasi Akademik Terintegrasi, Sistem Akreditasi, Sistem Management Library, Repository dan Open Journal System (OJS). Dari fasilitas digital ini, IAIN Ternate ber-partner dengan Telkom, RedHat Linux, Amazon Web Service, Google Workspase, Microsoft dan BSSN.
Dengan ketersediaan sarana penunjang perkuliahan, maka dalam kepemimpinan rektor IAIN Ternate Prof Dr Radjiman Ismail, M.Pd berbagai langkah strategis mulai disusun untuk menghadirkan perubahan di IAIN Ternate. salah satu upaya yang diusung adalah akselerasi guru besar (gubes)serta pengembangan kampus yang mulai dilakukan pada tahun 2024 ini.
Pada 2022 lalu, upaya akselerasi guru besar  membuahkan hasil, dari 5 tenaga pendidik (dosen) berpangkat lektor kepala di usung ke pusat untuk menjadi guru besar. Hanya saja dari jumlah tersebut, baru satu yang direspon, yakni rektor IAIN Ternate Radjiman Ismail.
