Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Ternate, pada awalnya adalah Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Ujung Pandang di Ternate. Setelah dikeluarkan Keputusan Pesiden RI Nomor 11 tahun 1997, maka Fakultas Tarbiyah resmi menjadi STAIN Ternate.
Sebab, isyarat dari Kepres tersebut bahwa seluruh Fakultas IAIN yang berada di luar induk (Ujung Pandang), maka ditetapkan sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri.
Keputusan Presiden kemudian disertai dengan Keputusan Menteri Agama (KMA) Republik Indonesia nomor 314 tahun 1997 tentang Organisasi dan tata kerja STAIN Ternate, dan Surat Keputusan Menteri Agama RI nomor 247 tahun 1997 tentang Status STAIN Ternate.
Maka, secara resmi Fakultas Tarbiyah Alauddin di Ternate berubah status menjadi STAIN Ternate. Selain itu, diterbitkan Surat Keputusan (SK) Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia No.E/136/1997 tertanggal 30 Juni 1997, sekaligus menandai harta milik Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin di Ternate secara resmi menjadi milik STAIN Ternate.
Sejak peningkatan status dari Fakultas Tarbiyah menjadi STAIN, terhitung dari 1966 hingga 2024 sudah terjadi 10 kali pergantian unsur pimpinan Dekan, Ketua STAIN dan Rektor.
Berawal dari Penjabat Sementara Dekan Fakultas Tarbiyah, Bapak Baharuddin Lopa pada 1966, kemudian digantikan Drs Husen Alhadar (1966-1975), Drs H. Sahbuddin (1976-1989), Drs H.M Noor Pettalongi PL (1989-1997), Drs Abdullah DP (1997-2003), Yahya Abd. Rahman Misbah, M.A (2003-2007), Drs H. Abdjan Jahja, M.Ag (2007-2010), Dr Abd Rahman Ismail Marasabessy, M.Ag, Dr Samlan H. Ahmad, M.Pd (2017-2021), dan Prof Dr Radjiman Ismail, M.Pd (2021-2025).
Namun, dari nama-nama tersebut, hanya mendiang Dr Abd Rahman Ismail Marasabessy lah satu-satunya, pejabat yang menjabat pada dua periode yang berbeda, yakni di era STAIN dan IAIN.
Dan' tercatat sepanjang perjalanan sejarah lembaga ini hingga saat kini, hanya beliau-lah paling lama menjabat. Dan, bukan hanya itu, beliau juga catatkan sejumlah prestasi, lantaran di masa kepemimpinannya STAIN berhasil beralih status menjadi IAIN, dan sekaligus beliau-lah menjadi rektor pertama di IAIN Ternate.
Bukan hanya itu, di periode kepemimpinannya juga berhasil melebarkan sayap, yakni berhasil meyakinkan kepada pemerintah provinsi Maluku Utara, sehingga mendapat tanah hibah seluas 19,6 hektar di desa Dodinga, Kecamatan Jailolo Selatan, Kabupaten Halmahera Barat. Periode kepemimpinan beliau berlangsung dari 2010-2017.
Kemudian pada 2017-2021 rektor IAIN Ternate dijabat oleh mantan Direktur Pascasarjana STAIN Ternate Dr Samlan Hi. Ahmad,M.Pd, lalu digantikan Prof Dr Radjiman Ismail, M.Pd yang pada akhir desember lalu atau tepatnya pada Jumat (31/12/2021) dilantik oleh Menteri Agama, Yaqut Cholil Qoumas sebagi rektor baru dengan masa khidmat 2021-2025.
Sepanjang perjalanan STAIN Ternate, diperhadapkan kemajuan lembaga pendidikan dan ilmu pengetahuan, maka berbagai upaya dilakukan untuk meningkatkan status dari STAIN menjadi IAIN untuk menjawab kebutuhan persoalan tersebut.
