Walaupun tanpa penelitian yang mendalam, penulis mempunyai beberapa hipotesa yang bisa menjadi  faktor dan dapat berkontribusi terhadap kekerasan seksual di pesantren.
Tulisan ini tidak bermaksud untuk menghakimi dan menggeneralisasi bahwa faktor-faktor ini ada disetiap Pondok Pesantren.
Bahwa tidak semua pesantren mengalami masalah TPKS bahkan ada kemungkinan beberapa pesantren yang pantas untuk dijadikan model dalam  mencegah terjadinya TPKS karena mempunyai sistim pengajaran yang bagus serta tegas.
Adapun faktor-faktor yang mungkin dan yang membuat pondok pesantren terlilit masalah kekerasan seksual adalah ;
1. Penyalahgunaan sistim pengajaran sekolah berasrama.
Sebagaimana kita ketahui metode pengajaran pondok pesantren menggunakan sistim berasrama. Setiap santri tinggal dan belajar di lokasi pondok pesantren dan disediakan asrama pondokan untuk tidur dan ber tempat tinggal. Bagi oknum-oknum bejat yang mempunyai niat jahat dapat menyalah gunakan sistim sekolah berasrama yakni seolah-olah memfasilitasi terjadinya kekerasan seksual di pesantren.
Sistem sekolah berasrama menciptakan lingkungan di mana para pelaku kekerasan seksual dapat memiliki akses yang lebih mudah dan berulang terhadap korban mereka.
2. Kekuasaan Guru yang kharismatik dan ketidakseimbangan kekuatan:
Pesantren merupakan lingkungan di mana guru atau tokoh agama memiliki otoritas yang tinggi atas para santri.
Beberapa guru di Pondok Pesantren merupakan guru yang kharismatik dan memukau.
Kelebihan dan ketidakseimbangan kekuasaan ini dapat memberikan kesempatan bagi individu yang memiliki niat jahat dan buruk untuk mengeksploitasi dan menyalahgunakan kekuasaan dan kelebihan mereka.
3. Ada kemungkinan kurangnya pemahaman dan kesadaran tentang kekerasan seksual :
Sebetulnya masalah ini jamak di lingkungan sekolah umum maupun sekolah khusus seperti pesantren.
