Salah seorang pengikut pertama Ordo Yesuit, Franciscus Xaverius (meninggal tahun 1552) Â berhasil mendirikan berbagai misi Gereja Katolik Roma di India, Indonesia , dan Jepang, sekaligus menjadi peletak dasar dari katholicisme di Indonesia.
Dialah yang menegaskan bahwa untuk memperluas agama Nasrani perlu didirikan sekolah di mana-mana, terutama di daerah-daerah non-Kristen .
Pada tahun 1536 penguasa Portugis untuk daerah Maluku, Antonio Galvano, mendirikan sekolah seminari untuk anak-anak para pemuka pribumi di Ternate, yang merupakan sekolah agama Kristen bagi anak-anak mereka.
Sekolah yang sejenis kemudian didirikan di Pulau Solor, dengan jumlah murid sebanyak 50 orang. Murid-murid yang berasal dari golongan pribumi yang  mampu mengikuti pelajaran dengan baik dan ingin melanjutkan, dapat meneruskan studi di Goa (India), yang merupakan pusat kekuatan orang-orang Portugis di Asia.
Franciscus Xaverius berangkat dari Ternate ke Goa dengan membawa pemuda-pemuda Maluku untuk melanjutkan pelajarannya di kota tersebut.Â
Disekolah-sekolah katolik tersebut selain diberi pelajaran agama, diberikan pula pelajaran tentang membaca, menulis, dan berhitung, ditambah dengan pelajaran tentang bahasa Latin.
1.2 Masa Pengaruh Belanda
Akhir abad ke-16 dan awal ke-17 merupakan giliran bagi orang-orang Belanda untuk menanamkan dan memperkuat pengaruhnya di Indonesia.
Tahun 1585M Portugal jatuh ke dalam kekuasaan Kerajaan Spanyol yang beragama Katolik Roma sedangkan orang-orang Belanda yang beragama Kristen Protestan sedang berjuang untuk memerdekakan negerinya dari penjajah Spanyol melalui perang 80 tahun (1568M-1648M).
Belanda pada tahun 1605M mengambil alih posisi orang-orang Portugis di Kepulauan Amboina (Maluku Selatan).
Pada tahun 1619M Belanda berhasil mendirikan Bandar Jayakarta sekaligus mengubah namanya menjadi Batavia, sebagai basis perdagangan dan kekuasaan politiknya di Indonesia sampai tahun 1942M.