4) Kurangnya  penangkar benih sehingga pengadaan  benih sulit ketika  pemasok  benih yang ada tidak dapat  memenuhi  permintaan
5) Harga benih mahal,sehingga Petani harus membeli benih baru setiap tanam, karena benih hasil panen sebelumnya tidak dapat dipakai untuk pertanaman berikutnya.
6) Tidak setiap galur atau varietas dapat dijadikan sebagai tetua padi bersertifikat.
Keuntungan menggunakan benih unggul bermutu dan bersertifikat
( Penggunaan benih yang bermutu menjamin keberhasilan usaha tani.
( Keturunan benih diketahui, mutu benih terjamin dan kemurnian genetik diketahui.
( Pertumbuhan lebih cepat dan seragam dan populasi tanaman optimum, sehingga mendapatkan   hasil yang tinggi.
 ( Menghasilkan bibit yang sehat dengan akar yang banyak.
 ( Tumbuhan lebih tegar ketika tanaman pindah.
( Masak dan panen serempak.
( Produktivitas tinggi, sehingga meningkatkan pendapatan petani.
