Dalam budidaya ini diharapkan dilakukan secara berkelanjutan karena sektor pertanian ini merupakan sektor yang sangat penting dalam agribsnis yang berkelanjutan. Namun dalam budidaya ada beberapa factor yang mengahambat yang menyebabkan budidaya tersebut tidak berjalan dengan lancer, Kendala tersebut berupa kurangnya SDM dan lahan petani yang kurang memadai.
Penggunaan  benih  padi bersertifikat  berdasarkan  bantuan program  pemerintah  dan  pasar bebas sampai dengan triwulan III tahun 2017 mencapai  87.639,29 ton  atau  36,92% dari  total  kebutuhan  benih  potensial 237.389  ton  (Direktorat  Jenderal Tanaman Pangan, 2017).Â
Pada tahun 2016, tingkat penggunaan benih varietas unggul bersertifikat untuk padi sebanyak 180.927,68 ton (43,52%) atau belum mencapai 50%nya (Direktorat Perbenihan Tanaman Pangan, 2016).Â
Kendala penggunaan benih bersertifikat muncul jika interaksi antar subsistem tidak berjalan baik. Beberapa kendala yang disinyalir sebagai penghambat antara lain sebagai berikut:
 1) Penyediaan benih sumber BS untuk program Benih Dasar (BS, FS), bagi balai benih belum memenuhi kebutuhan baik dalam jumlah, varietas, waktu, dan keberlanjutannya;
2) Kemampuan teknis dan permodalan produsen benih, terutama swasta/penangkar masih terbatas sehingga revolving system pun kurang berjalan lancar
 3) Benih yang tersedia kadang tidak tersalurkan karena distribusinya tidak terkoordinasi dengan baik. Padahal jika benih tersebut disimpan dahulu akan memerlukan biaya tinggi dan mutunya terancam kemunduran
4) Kebutuhan uang yang segera oleh keluarga penangkar menyebabkan benih yang dihasilkan tidak dijual sebagai benih, melainkan sebagai biji konsumsi
5) Kurangnya penangkar benih sehingga pengadaan benih sulit ketika pemasok benih yang ada tidak dapat memenuhi permintaan
6) Lemahnya pengawasan internal oleh produsen benih sehingga mengurangi areal pertanaman yang lulus sertifikasi
7) Satuan petugas dan fasilitas BPSB kurang memadai untuk melayani produsen benih yang sering tersebar lokasi perbanyakan benihnya
