Reproduksi seksual berlangsung dengan cara kopulasi antara planogamet-planogamet yang memiliki morfologi sama atau tidak sama dengan menghasilkan zigot, yang akan tumbuh kembali menjadi hifa.
Gambar 9. Siklus hidup Chytridiomycota
Gambar 10. Chytridiomycota
b. Zygomycota
Dinding sel terdiri dari kitosan atau kitin. Talus biasanya filamentus dan nonseptat, tanpa silia, reproduksi seksual menghasilkan zigospora berdinding tebal yang berornamen. Sedangkan reproduksi aseksualnya biasanya dengan membentuk aplanospora.
Reproduksi aseksual Zygomycota dimulai dari pertumbuhan spora menjadi benang hifa yang bercabang-cabang membentuk miselium. Beberapa hifa akan tumbuh ke atas dan ujungnya mengembung membentuk sporangium. Sporangium yang masak kemudian pecah dan spora yang ada didalamnya tersebar. Spora yang jatuh di tempat yang sesuai akan berkecambah.
Reproduksi seksualnya dimulai ketika terjadi peleburan dua inti (+ dan -) dari spora haploid membentuk zygospora diploid. Zygospora akan berada dalam keadaan dorman sampai menemukan tempat yang sesuai untuk tumbuh. Ketika zygospora menemukan tempat yang sesuai selanjutnya akan melalukan meiosis dan membentuk sporangium yang berisi spora haploid.
Gambar 11. Siklus reproduksi Zygomycota
Gambar 12. Apophysomyces sp.
c.Ascomycota
Reproduksi seksual meiosis dengan nukleus diploid dalam askus, berkembang menjadi askospora, sebagian besar juga mengalami reproduksi aseksual dengan pembentukan konidiospora dengan hifa aerial khusus disebut konidiospora. Banyak yang memproduksi aski dengan tubuh buah kompleks disebut askokarp. Termasuk saprofit, parasit, sebagian mutualisme dengan mikroba fototropik membentuk liken. Dinding sel terbuat dari kitin.