Sebelum melakukan pemeriksaan biasanya dilakukan penilaian terhadap sistem pengendalian internal (SPI) dari suatu instansi. Kuat atau lemahnya SPI merupakan indikator awal atas luas atau tidaknya lingkup pemeriksaan keuangan yang akan dilakukan oleh auditor terhadap auditee. Sebagai contoh hasil pemeriksaan semester I tahun 2012, sebagai manifestasi dari pelaksanaan amanah UU, BPK telah melakukan pemeriksaan laporan keuangan kepada 527 laporan keuangan, melakukan pemeriksaan kinerja kepada 14 instansi pusat dan daerah serta 81 pelaksanaan pemeriksaan dengan tujuan tertentu (PDTT) yang kesemuanya berasal dari lingkungan pemerintahan pusat maupun daerah dan BUMN/BUMD dan Badan lainnya.
Selain itu, dalam upaya untuk meningkatkan akuntabilitas keuangan instansi pemerintah, pemeriksaan yang telah dilakukan oleh BPK ternyata telah memacu instansi pemerintah untuk terus meningkatkan kualitas laporan keuangannya. Hal ini bisa dibuktikan dari data pemberian opini BPK atas hasil pemeriksaan keuangan kepada auditee. Untuk laporan keuangan kementerian dan lembaga (LKKL), pada tahun 2007 hanya ada 15 entitas yang mendapatkan opini wajar tanpa pengecualian (WTP) atau 19% dari total entitas yang di periksa. Opini WTP yang diberikan meningkat menjadi 34 entitas LKKL di tahun 2008 atau 41% dari total entitas yang diperiksa. Pada tahun 2009 WTP yang didapat meningkat secara proporsi menajdi 57% atau 44 entitas yang mendapat WTP. Peningkatan entitas yang mendapat WTP terus meningkat di tahun 2010 menjadi 52 entitas atau 63% dati total entitas yang diperiksa. Hal yang sama juga terjadi di tahun 2011 entitas yang mendapatkan opini WTP meningkat menjadi 77% atau bertambah menjadi menjadi 66. Secara lengkap pemberian opini LKKL dapat dilihat dalam tabel dan grafik berikut ini:
Opini
2007
2008
2009
2010
2011
WTP
15
34
44
52
66
WDP
31
31
26
29
18
TW
1
0
0
0
0
TMP
33
18
8
2
2
Total
80
83
78
83
86
Namun untuk laporan keuangan pemerintah daerah (LKPD) perkembangannya tidak sebaik LKKL. Baik pemerintah provinsi, kabupaten maupun kota, peningkatan kualitas laporan keuangan untuk mendapatkan opini WTP dengan rentang waktu 2006 sampai 2011 porsinya tidak ada yang melebihi 20%. Kondisi terparah adalah pemerintah kabupaten yang hanya mempunyai porsi kurang dari 5% yang mendapatkan opini WTP. Secara lengkap hasil pemeriksaan atas LKPD dapat dilihat dalam tabel berikut ini:
Opini
2007
2008
2009
2010
2011
Provinsi