Implikasinya, karena tidak mengakui asas negara yang bukan Islam, kelompok-kelompok Islam di Indonesia melakukan pemberontakan kepada Pemerintahan Soekarno yang dipelopori oleh Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII).
Pemberontakan DI/TII tercatat sebagai pemberontakan jihadis terbesar pertama di dunia Islam pada abad ke-20. DI/TII melakukan perlawanan kepada pemerintah pusat terjadi di enam provinsi, yang paling sengit terjadi di “Tatar Pasundan” Jawa Barat, mulai tahun 1948 sampai 1962. Diperkirakan korban tewas selama 15 tahun pemberontakan DI/TII berkisar 15.000 – 40.000 ribu orang.
Sampai kini cita-cita mendirikan Negara Islam Indonesia (NII) tetap menjadi aspirasi sebagian kemlompok masyarakat Indonesia. Gerakan DI/TII pasca kepemimpinan Kartosuwiryo telah bermetamorfosis menjadi gerakan bawah tanah sampai era 1970-an.
Selanjutnya gerakan bawah tanah ini dikenal dengan kelompok Negara Islam Indonesia (NII) yang dikemudian hari melalui tokohnya Abdullah Sungkar dan Abu Bakar Baasyir membentuk Jamaah Islamiyiah (JI) yang bersifat regional.
Menuru Greg Fealy dan Anthoni Bubalo (2007) dalam buku Jejak Kafilah, ada perbedaan mendasar antara DI/TII dan JI. DI/TII tidak memiliki satupun pendekatan salafi seperti JI. DI/TII merupakan gerakan pribumi yang tidak dipengaruhi gerakan Islamisme transnasional. Satu-satunya cita-cita politik DI/TII adalah mendirikan negara Islam di Indonesia.
Belajar dari pemberontakan DI/TII, gerakan jihadis berhaluan keras di Indonesia tidak selalu dipengaruhi oleh gerakan neofundamentalisme global dari Timur-Tengah.
Namun diakui dalam perjalananannya, DI/TII adalah penyuplai utama anggota JI. Di tubuh JI inilah bertemu cita-cita politik DI/TII untuk mendirikan negara Islam di Indonesia dengan cita-cita jihadis global. Bisa dikatakan JI adalah gerakan hibrida (perkawinan silang) dari kekuatan nasional dan internasional.
Disinilah hebatnya gerakan jihadis global seperti Al-Qaeda dalam merangkul gerakan radikal regional seperti JI yang memiliki sifat-sifat lokal yang khas. Al-Qaeda memberikan ruang bagi JI masuk dalam jaringannya untuk memperjuangkan cita-cita Islamisme global, namun juga memberikan kesempatan kepada JI untuk mengejar agenda mereka sendiri yang lebih bersifat lokal.
Rekrutmen ala Al-Qaeda terhadap gerakan Islamisme regional ini juga digunakan oleh Islamic State of Irak and Suriah (ISIS) sekarang. Konon, peristiwa pemboman dan penembakan Sarinah pada Kamis (14/01/2016) memiliki tujuan hibrida. Pertama dalam rangka menunjukan eksistensi kelompok ISIS di Indonesia. Kedua, agar publik mengetahui bahwa kelompok DI/TII masih ada.
Radikalisme berkembang di Indonesia tidak hanya persoalan cita-cita mendirikan negara Islam, namun juga terkait kebijakan pemerintah sekuler yang sangat represif terhadap ummat Islam. Seperti penerapan asas tunggal Pancasila di era Orde Baru pada awal tahun 1980-an.
Atas nama stabilitas nasional, pemerintah Orde Baru mewajibkan semua Ormas termasuk organisasi Islam berasaskan Pancasila. Tentu, ini meresistensi ummat Islam di Indonesia dan menimbulkan keresahan-keresahan dikalangan ummat. Akibatnya terjadi peristiwa kekerasan ditengah masyarakat yang di “triger” isu sekretarian.
