Bank Islam sebagai alternatif  bagi bank konvensional yang dianggap kurang berhasil di dalam mengemban misi utamanya, memiliki keistimewaan yang juga merupakan perbedaan jika dibandingkan dengan bank konvensional.
Keistimewaan-keistimewaan Bank Islam tersebut adalah:
Adanya kesamaan ikatan emosional yang kuat antara pemegang saham, pengelola bank dan nasabahnya. Kuatnya ikatan emosional keagamaan ini akan menimbulkan akibat kebersamaan dalam menghadapi risiko usaha dan membagi keuntungan secara jujur dan adil, semua pihak yang terlibat dalam Bank Islam akan menjadi tanggung jawab usaha yang sama sesuai dengan ajaran agamanya, sehingga semua pihak akan menerima perolehannya dengan ikhlas.
Diterapkannya sistem bagi hasil sebagai pengganti bunga akan menimbulkan akibat yang positi. Akibat-akibat itu adalah:
Cost push inflation, yaitu akibat penerapan sistem bunga pada bank konvensional dapat dihilangkan, sehingga Bank Islam diharapkan mampu menjadi pendukunng kebijaksanaan moneter yang handal.
Memungkinkan persaingan antar Bank Islam berjalan secara wajar, karena keberhasilan Bank Islam ditentukan oleh fungsi edukatif bank di dalam membina nasabah dangan kejujuran, keuletan dan profesionalisme. Akibatnya, Bank Islam akan lebih mandiri dari pengaruh gejolak moneter baik dalam maupun luar negeri.
Di dalam Bank Islam, tersedia fasilitas kredit kebaikan (al Qardhul Hasan) yang diberikan secara Cuma-Cuma. Nasabah hanya berkewajiban menanggung biaya materai, biaya notaris dan biaya studi kelayakan.
Keistimewaan yang paling menonjol dari bank islam adalah yang melekat pada konsen (build in concept) dengan berorientasi pada kebersamaan dalam hal :
Mendorong kegiatan investasi dan menghambat simpanan yang tidak produktif melalui sistem oprasi proft and losss sharing sebagai pengganti bunga, baik yang diterapkan kepada nasabah al-mudharabah  dan al-musyarakah, maupun yang diterapkan kepada banknya sendiri. Dengan sistem ini penyimpan dana di berikan motivasi untuk melakukan investasi yang menguntungkan.
Memerangi kemiskinan dengan membina golongan ekonomi lemah dan tertindas (dhu'afa' dan mustthad'afin) melalui bantuan hibah yang di arahkan oleh bank secara produktif dananya bisa di peroleh  dari zakat dan sedekah, serta melalui pinjaman lunak tanpa bunga (al-qardhul hasan) yang dananya di peroleh dari zakat. Khusus penerimaan dari infak dananya di salurkan untuk pengembangan sarana ibadah dan pendidikan islam.
Mengembangkan produksi, penggalakan perdagangan dan perluasaan kesempatan kerja melalui kredit pemilik barang atau peralatan modal dengan pembayaran tangguh (al-murabahah) dan pembayaran cicilan (al-bai'ubithaman ajil) yang disalurkan kepada pengusaha produsen, pengusaha pedagang perantara, dan konsumen dari barang yang dihasilkan pengusaha produsen. Dana untuk pengembangan industri, perdagangan dan kesempatan kerja ini di peroleh dari penyimpanan dana baik dalam bentuk giro, deposito maupun tabungan.
Meratakan pendapatan melalui sistem bagi hasil dan kerugian (profit and loss sharing) Â baik yang di berlakukan kepada banknya sendiri selaku mudharib atau pemegang amanah maupun kepada peminjam dalam operasi mudharabah dan musyarakah.
