Raden Patah dan Wali Sanga melakukan banyak upaya untuk menghentikan dakwah Syekh Siti Jenar, dimulai dengan cara damai dengan mengutus Suna Kalijaga untuk merundingkan penangkapan paksa. Kemudian menurut versi populer, Syekh Siti Jenar dieksekusi oleh raja Demak. Ada dua versi kematian Syekh Siti Jenar. Versi pertama yang umum dikenal di kalangan petani mengatakan bahwa wali (wali sanga) menjinakkan siti jenari. Cara kematian yang dia terima mirip dengan seorang Sufi Baghdadi bernama Al-Hallaj. Keduanya menyampaikan informasi yang menyesatkan orang. Keduanya mengaku sebagai Tuhan. Karena itu, keduanya dihukum penyaliban. Bedanya, darah Siti Jenar menyembur keluar dan membentuk kitab suci Allah, sedangkan darah Al-Hallaj menetes ke tanah seperti kebanyakan orang yang disalib.
Versi lain dari kematian Syekh Siti Jenar mengatakan bahwa sufi yang kontroversial itu tidak mati dengan cara dipukuli, tetapi memilih kematiannya sendiri. Jadi Syekh Siti Jenar menanggung kematiannya sendiri. Ini terjadi ketika para penjaga menyeretnya ke hadapan raja Demak dan dia kemudian menyerahkan nyawanya sendiri.
Karakteristik Islam Nusantara
Islam Nusantara memiliki keistimewaan tersendiri yang membedakannya dengan karakteristik keislaman daerah lainnya, khususnya Islam Timur Tengah, yang mempengaruhi Islam keliling dunia Nusantara memiliki banyak keunikan berbeda dengan negara lain karena keunikan, keunikan geografis, tradisi sosial-politik dan peradaban. Islam tidak hanya diterima masyarakat nusantara, namun justru karena itu juga layak membentuk budaya nusantara. Mengenali sifat adaptifnya, yaitu rahmata li al-'alam. Sebuah pesan kasih karunia al-'alamin dijiwai oleh karakteristik Islam Nusantara, moderat, rasa toleran yang tinggi, damai dan menghormati keragaman.
Islam yang melarang memukul sesama Islam konstruktif, bukan serangan Islam yang menggunakan hati tidak mengutuk Islam menuntut pertobatan, bukan penghujatan dan Islam memberi Memahami tidak menipu. Islam Indonesia sejak awal memiliki corak dan tipologi tersendiri. yaitu Islam yang baik dan moderat dan Islam garis tengah merepresentasikan alasan-alasan ideologis dan filosofis yang moderat.
Peran Islam moderat adalah menjaga keseimbangan dua macam ekstrem, khususnya antara pemikiran dan pemahaman serta gerak Islam fundamental dan liberalisme, dua kutub ekstrim yang sulit digabungkan Beginilah cara Islam moderat menjaga dan mengembangkan perdamaian komprehensif, yaitu perdamaian antara umat Islam dan dengan orang lain yang lain, sehingga Islam moderat dapat membebaskan manusia dari rasa takut. Islam moderat menawarkan pembahasan yang berwawasan luas tentang pembebasan karena tidak didasarkan pada pendekatan kekuatan dan ketergesaan.
Istilah “Islam Nusantara” harus mulai memahami model dan karakter Islam di Nusantara muda, yang karakternya sebenarnya berbeda dengan model Islam Timur Tengah, tempat Islam berkembang. Di wilayah-wilayah regional, seperti yang pernah dikemukakan oleh Gusdur, yang menantang sarjana Islam unik untuk mengembangkan teori yang disebut studi Islam berdasarkan wilayah Clasdar, diyakini ada enam wilayah Islam: Timur Tengah, Afrika, India Kontinental, dan Tengah. Asia bergabung dengan Rusia, Nusantara, dan Enops. Menurut Gusiuri, masing-masing memiliki keunikan tersendiri.
Dipadukan Dengan ciri-ciri islam di nusantara dapat dilihat dengan ciri-cirinya seperti, Pertama Islam di Nusantara merupakan produk dakwah yang tokohnya kemudian dikenal dengan nama Wali Songo, proses Islamisasi secara damai melalui akulturasi budaya dan rumah inti Islam. Itulah sebabnya Islam bisa berkembang pesat tanpa kekerasan. Cendekiawan Islam, termasuk Anwar Ibrahim, menilai situasi ini sebagai proses terbaik Islamisasi.
Kedua, pengikut setia memahami sifat ahlusunna yang bersahaja. Inilah keistimewaan yang terkemuka dalam Islam Nusantara. Apakh seperti itu. kontras gunakan cara berpikir Islami di Timur Tengah
Ketiga, para ulama atau masyarakat muslim nusantara tidak asal-asalan atau asal-asalan dalam memilih mazhabnya. Selama ini, panutan dipilih atau diciptakan bagi mereka dan memiliki intelijel yang sangat cukup serta telah di uji oleh penelitian sejarah dan bagi mereka yang berintegritas, karakter ulama yang bersikap mandiri, hingga ijtihad adalah hasil ilmu yang sempurna. serta hati yang bersih tanpa menginginkan keuntungan dari nafsu. Dalam bidang fikih, masyarakat muslim nusantara mengikuti salah satu mazhab fikih, yaitu Hanafi, Maliki, Syafi'i dan Hanbali. Tetapi salah satu mazhab yang banyak diikuti adalah sekte syafi’i, jadi wajar saja, sastra buku perdamaian di masyarakat muslim nusantara didominasi oleh kitab-kitab mazhab Syafi'i. .
Keempat, mayoritas masyarakat muslim di nusantara terdiri dari praktisi sufi, itulah sebabnya Tarckat tumbuh subur. Tokoh Sufi yang dijadikan tokoh panutan antara lain Imam Ghazali, Syekh Abdul Qadir Jailani, Imam Syazili dan lain-lain. sangat populer di kalangan umat Islam Indonesia. Sejak saat itu, Islam Nusantara menjadi Islam sangat sejati rukun dan toleran, menghargai pluralisme sebagai fitrah asli ajaran tasawuf.
