Ancaman dalam dan luar negeri
Adanya ancaman dari luar maupun dari dalam negeri dapat merusak terjadinya Integrasi Nasional.
Ketidakmerataan pembangunan
Adanya kesenjangan sosial antar daerah dapat memicu ketidakpuasan yang mengakibatkan terpecahnya persatuan nasional.
Etnosentrisme
Adanya suku yang merasa lebih baik dan merendahkan suku lain dapat menyebabkan konflik yang kemudian memecah belah sebuah persatuan nasional. Contoh kasus yang terjadi adalah, konflik Sampit yang terjadi pada tahun 2001 yang disebabkan oleh orang Dayak yang cemburu akan kesuksesan orang Madura dalam segi ekonomi. Selain karena adanya kecemburuan, konflik tersebut juga disebabkan oleh benturan budaya.
Kurangnya kesadaran nasional
Masyarakat yang tidak sadar akan pentingnya persatuan nasional demi mewujudkan Integrasi Nasional.
Konflik SARA
Adanya konflik antara perbedaan dapat memecah belah sebuah kesatuan dan menghambat terjadinya Integrasi Nasional. Contoh kasus yang terjadi adalah adanya konflik antar umat beragama di Aceh yang disebabkan oleh adanya konflik antara umat muslim yang menginginkan pemerintah untuk membongkar gereja-gereja Kristen yang ada di Aceh.
Separatisme dan kedaerahan
