Penyimpanan obat adalah proses yang dilakukan dalam manajemen pengelolaan obat, sediaan farmasi disimpan dan sisusun secara rapi dan baik dalam lemari, kulkas, dan maupun pada tempat penyimpanan obat yang baik dan benar. Tujuan dilakukan nya penyimpanan obat adalah untuk memelihara sediaan farmasi, menghindari penggunaan dari pertanggungjawaban yang tidak baik, menjaga kertesediaan farmasi, dan memudahkan dalam pengawasan dan pengambilan.
Aspek yang perlu diperhatikan dalam penyimpanan obat adalah :
 a. Penyimpanan sediaan farmasi dilakukan digudang dengan perlengkapan lemari dan rak penyimpanan yang baik
b. Suhu rungan harus baik agar menjamin mutu obat
c. Pemberiaan tanda pada lemari dan rak agar memudahkan dalam proses pencarian dan pengkategorikan obat
d. Penyimpanan dilakukan sesuai dengan kelas nya
e. Sediaan obat psikotropika dan narkotika disimpan ke dalam lemari yang terkunci, lalu kunci tersebut dipegang oleh tenaga apoteker atau tenaga kefarmasian yang menguasai.
f. Sediaan farmasi yang mudah terbakar disimpan di tempat yang khusus dan terpisah dari jenis obat lainnya
g. Tersedianya lemari pendingin untuk penyimpanan jenis obat tertentu
h. Jika terjadi pemadaman listrik harus dilakukan tindakan pengamanan terhadap jenis obat yang disimpan di lemari pendingin.
i. Obat-obatan yang mendekati tanggal kadaluarsanya diberikan penanganan khusus yaitu diletakkan di tempat yang mudah terlihat tujuannya agar lebih dahulu digunakan sebelum tanggal kadaluarsanya berakhir (Permenkes tentang Petunjuk Teknik Standar Pelayanan Kefarmasian Puskesmas, 2019).