Berdasarkan Lontar Kutarakanda Dewapurana Bangsul, awal berdirinya Pura Lempuyang Luhur dikaitkan dengan tibanya Bhatara Tiga tiba di Bali dari Gunung Semeru (Jawa Timur) atas perintah Bhatara Pasupati. Disebutkan bahwa Bhatara Tiga tiba di Bali pada hari Sukra (Jumat) Kliwon, wara Tolu, bertepatan dengan sasih (bulan) Kalima pada tahun 113 Saka (sekitar November 191 M).
Hyang Putra Jaya membangun Pura Besakih di Tohlangkir (Gunung) Agung, Dewi Danuh membangun Pura Ulun Danu, Gunung Batur dan Hyang Gni Jaya membangun Pura Lempuyang.
Peninggalan Kerajaan Kutai Martadipura yang beridentitas Hindu antara lain berupa Yupa, tugu batu bertuliskan bahasa Sanskerta yang menyebutkan Mulawarman sebagai raja ketiga Kutai dicatat karena kedermawanannya menyedekahkan 20.000 ekor sapi kepada kaum Brahmana.
Peninggalan Kerajaan Tarumanegara yang beridentitas Hindu antara lain Prasasti Ciaruteun/Ciampea ditemukan ditepi sungai Ciarunteun, dekat muara sungai Cisadane Bogor menggunakan huruf Pallawa dan bahasa Sanskerta, terdapat cap telapak kaki Purnawarman yang diibaratkan dewa Wisnu maka dianggap sebagai penguasa sekaligus pelindung rakyat.
Prasasti Tugu, Cilincing, Jakarta Utara menyebutkan penanggalan Tahun Saka walaupun tidak lengkap dengan angka tahunnya yang disebutkan adalah bulan Phalguna dan Caitra. Prasasti Tugu juga menyebutkan dilaksanakannya upacara selamatan oleh Brahmana disertai dengan seribu ekor sapi yang dihadiahkan raja.
Peninggalan Kerajaan Kalingga (594-782 M) yang beridentitas Hindu diantaranya Prasasti Tuk Mas /Prasasti Dakawu, adalah sebuah prasasti yang dipahatkan pada batu alam besar yang berdiri di dekat mata air lereng barat Gunung Merapi, tepatnya di Dusun Dakawu, Desa Lebak, Kecamatan Grabag, Magelang. Prasasti Tuk Mas dipahat dengan aksara Pallawa dan dalam bahasa Sanskerta.
Pada prasasti ini terdapat pula lukisan alat-alat, seperti trisula, kendi, kapak, sangkha, cakra, dan bunga tunjung.Â
Ada pula Situs Puncak Sanga Likur, Gunung Muria. Di Puncak Rahtawu (Gunung Muria) dekat dengan Kecamatan Keling terdapat empat arca batu, yaitu arca Batara Guru, Narada, Togog, dan Wisnu.
Berdasarkan Prasasti Canggal tahun 654 Saka (732 M), Raja Sanjaya yang beragama Hindu Siwa telah mendirikan 'Lingga' di atas bukit Candi Gunung Wukir.
Komplek Candi Arjuna di Dieng merupakan candi pemujaan untuk Dewa Siwa yang dibangun Sanjaya raja Mataram Kuno berdasarkan Prasasti dengan aksara Jawa kuno tahun 731 Saka (809 M).
Kakawin Nagarakretagama/Kakawin Desawarnana karya Dang Acarya Nadendra/Empu Prapanca berbahasa Jawa Kuno masa keemasan Majapahit pemerintahan Prabu Hayam Wuruk (1350-1389 M).
