1. Sekularisme
Â
   Cak Nur membedakan antara "sekulerisme" dengan "sekularisasi". Sekularisasi tidak dimaksudkan sebagai penerapan sekulerisme, tetapi sebagai proses pembebasan nilai-nilai duniawi dan melepaskan umat Islam dari kecenderungan mengukhrowikan nilai-nilai agama. Tujuan sekularisasi ini adalah untuk memantapkan tugas manusia sebagai "khalifah Tuhan di muka bumi" dan memberikan kebebasan manusia untuk memilih cara perbaikan hidupnya.
Â
2. Pluralisme Agama
Â
  Cak Nur memandang pluralisme agama sebagai keniscayaan dari Tuhan yang diberikan kepada umat manusia agar dipahami dan diamalkan. Bentuk pengalamannya adalah saling menghargai antara satu sama lain dan menerima keberadaan orang lain yang berbeda agama[6]
Â
  Pemikiran Cak Nur tentang pluralisme agama juga menekankan pentingnya menghargai nilai-nilai spiritual dan sosial dari semua agama, serta mengakui bahwa yang sakral hanya Tuhan. Dengan demikian, semua agama mengajarkan menghargai orang lain dan menjunjung nilai-nilai musyawarah.[7]
Â
3. Eksperimen Madinah