Jika prosedur tidak menjamin hasil, pengalaman tetap diperlukan untuk mendukung hipotesis, seperti yang ditunjukkan oleh Pascal dan eksperimennya yang terkenal di Puy-de-Dme. Dalam tabung berisi air raksa yang dibalik dan dimasukkan ke dalam tong berisi air raksa, kadar air raksa turun seiring dengan ketinggian, yang membuktikan keberadaan dan kerja tekanan atmosfer. Sementara itu, melalui tiga hipotesis dan tiga percobaan, Harvey menetapkan prinsip peredaran darah dalam tubuh, menyapu bersih segala sesuatu yang selama ini dikemukakan.
Dua ilmuwan mengilustrasikan kutub berlawanan di mana ilmu pengetahuan pada periode ini berputar: Francis Bacon (1561-1626) dan Ren Descartes (1596-1650). Para penulis revolusi intelektual yang belum pernah terjadi sebelumnya, yang terinspirasi oleh skeptisisme Akademi Baru, menganggap  pikiran dan indera menipu.
Oleh karena itu kita memerlukan metode baru untuk membangun kembali pengetahuan. Bagi Bacon, yang dimaksud adalah penggandaan eksperimen metodis, kemudian ekstraksi pengetahuan secara cermat. Oleh karena itu, pendiri Royal Society pada tahun 1860, Bacon menentang Descartes, yang menganggap akal memungkinkan kita mencapai pengetahuan, melalui deduksi.
Sebelum runtuh, sistem mereka akan mempunyai pengaruh yang besar terhadap rekan-rekan mereka, sehubungan dengan karya-karya mereka: Discourse on Method dan Novum Organum, yang menyusun kembali dua pilar bahtera Aristotle . Kami mengaitkan metode eksperimental dengan satu metode, sedangkan metode lainnya kita lihat dalam filsafat mekanistik, penjelasan pertama tentang dunia sejak Aristotle .
Namun, ada titik konvergensi antara kedua pendekatan tersebut. Jadi, bagi Descartes, pengalaman krusial memungkinkan pengambilan keputusan di antara berbagai hipotesis. Dan Bacon tidak mengecualikan "pencarian penyebab" untuk menyelesaikan "panen pertama" yang lahir dari pengalaman. Robert Boyle dari Inggris (1627/1691) Â menggambarkan jalan perantara. Pada saat masyarakat terpelajar dan laboratorium berkembang biak, ia memisahkan data dari pengalaman ("masalah fakta") dan interpretasi fakta, dan ia membuat protokol: eksperimen harus dapat direplikasi, diperlukan saksi, dll. Rohault Cartesian, pada bagiannya, membedakan antara pengalaman melihat dan pengalaman mengendalikan.
Dengan Boyle, Mariotte, atau Hooke, ilmuwan profesional pertama dalam sejarah, perdebatan mengenai status hipotesis dan peran eksperimen menjadi lebih jelas. Perdebatan mengenai mana Newton akan mengenakan screed kelam.
"Hipotheses non fingo": Saya tidak membuat hipotesis, terjemahkan Voltaire. Rumus ini, sejak tahun 1713, sangat tegas. Bagi Newton, hipotesis "tidak mempunyai tempat dalam filsafat eksperimental. Dalam filsafat ini, proposisi dideduksi dari fenomena dan dijadikan umum melalui induksi. Inilah bagaimana Newton menemukan hukum gravitasi.
Namun Newton berkorespondensi dengan Hooke, yang sejak tahun 1680 mengusulkan adanya gaya yang berbanding terbalik dengan jarak -- yang merupakan kunci mekanika angkasa --, sementara Newton terjerat dalam eter dan pusaran yang menolak planet-planet. Kami tahu kisah selanjutnya. Dan anekdot apel yang jatuh, menginspirasi para ulama.
Namun kisah ini baru muncul pada tahun 1726. Kenyataannya, dengan menunjukkan  ia menolak hipotesis apa pun, Newton tampaknya tidak berhutang budi kepada Hooke maupun Halley, yang tingkat matematikanya tidak memungkinkannya menentukan bentuk orbit. tesis, dalam hal ini elips. Newton, yang mengaku berpindah dari bentuk ke gaya, tanpa hipotesis, oleh karena itu "mendeduksi" hukum gravitasi dari elips. Hooke, yang mengancam kejayaannya, tersingkir. Pertengkaran mengenai anterioritas dan paternitas bukanlah hal baru.
Newton akan menyatakan, bukannya tanpa kontradiksi, pendekatan metodologisnya. Batu kunci dari bahtera, pemikiran Aristotle , terletak pada satu pertimbangan: induksi setara dengan demonstrasi. Penemuan Newton berdampak besar sehingga masyarakat terpelajar, pada gilirannya, langsung "membaca" rahasia alam. Selain itu, penjelasan mekanistik Descartes berdasarkan gerakan dan guncangan didiskreditkan. Singkatnya, "setiap upaya konstruksi intelektual dituduh sistematis".
Kemuliaan sarjana membatasi cakrawala epistemologis, dan program sekolah merayakan analisis induktif yang diikuti dengan sintesis deduktifnya. Ilmuwan (Ampre Magendie, Laplace) serta filsuf (Rousseau, Saint-Simon) melihat dalam hipotesis "kehendak-o'-the-wisp yang menyesatkan ilmuwan". Hasilnya: bagi Buffon, bulan memberikan panas ke bumi, makhluk-makhluk terbentuk sebelumnya, dll.
