Dia kemudian menganggap karyanya selesai untuk sementara waktu dan berharap pembaca akan segera berkembang. Bahkan, minat terhadap pemikiran Nietzsche meningkat saat ini, meskipun agak lambat dan hampir tidak terlihat oleh dirinya sendiri. Selama tahun-tahun ini Nietzsche bertemu Meta von Salis, Carl Spitteler dan Gottfried Keller.
Pada tahun 1886, saudara perempuannya Elisabeth menikah dengan Bernhard Forster yang anti-Semit dan melakukan perjalanan ke Paraguay untuk mendirikan Nueva Germania, sebuah koloni "Jerman".Â
Melalui korespondensi, hubungan Nietzsche dengan Elisabeth berlanjut melalui siklus konflik dan rekonsiliasi, tetapi mereka bertemu lagi hanya setelah keruntuhannya. Dia terus mengalami serangan penyakit yang sering dan menyakitkan, yang membuat pekerjaan berkepanjangan menjadi tidak mungkin.
Pada tahun 1887, Nietzsche menulis polemik On the Genealogy of Morals. Pada tahun yang sama, ia menemukan karya-karya Fyodor Dostoyevsky, yang dengannya ia langsung merasakan kekerabatan. Dia  berkorespondensi dengan Hippolyte Taine dan Georg Brandes.Â
Brandes, yang mulai mengajar filsafat Sren Kierkegaard pada tahun 1870-an, menulis kepada Nietzsche memintanya untuk membaca Kierkegaard, dan Nietzsche menjawab  dia akan datang ke Kopenhagen dan membaca Kierkegaard bersamanya. Namun, sebelum Nietzsche dapat memenuhi janji ini, dia tergelincir terlalu jauh ke dalam penyakit. Pada awal tahun 1888, Brandes memberikan salah satu kuliah pertama tentang filsafat Nietzsche di Kopenhagen.
Meskipun Nietzsche sebelumnya telah mengumumkan di akhir On the Genealogy of Morals  ia akan menulis sebuah karya baru berjudul The Will to Power: An Attempt at a Reevaluation of All Values, ia tampaknya telah meninggalkan ide ini dan malah menggunakan beberapa draft bagian untuk menyusun Twilight of the Idols and Antichrist 1888.
Kesehatannya membaik dan dia menghabiskan musim panas dengan semangat yang baik. Pada musim gugur 1888, tulisan-tulisan dan surat-suratnya mulai mengungkapkan apresiasi yang lebih tinggi terhadap posisi dan "takdirnya sendiri". Namun, ia melebih-lebihkan meningkatnya tanggapan terhadap tulisan-tulisannya, terutama terhadap polemik The Case of Wagner baru-baru ini.Â
Pada ulang tahunnya yang ke-44, setelah menyelesaikan The Horror of the Idols and Antichrist, ia memutuskan untuk menulis otobiografi Ecce Homo. Dalam kata pengantarnya  yang menunjukkan  Nietzsche sangat menyadari kesulitan penafsiran yang akan ditimbulkan oleh karyanya -- ia menyatakan: "Dengarkan aku! Karena saya adalah orang yang begini dan begitu.
Di atas segalanya, jangan bingung saya dengan orang lain". Pada bulan Desember, Nietzsche memulai korespondensi dengan August Strindberg, berpikir , Â dengan tidak adanya terobosan internasional, ia akan mencoba untuk membeli kembali tulisan-tulisannya yang lebih tua dari penerbit dan menerjemahkannya ke dalam bahasa-bahasa Eropa lainnya. Selain itu, ia berencana untuk menerbitkan kompilasi Nietzsche kontra Wagner dan puisi-puisi yang menjadi koleksinya Dionysian-Dithyrambs.
Pada 3 Januari 1889, Nietzsche mengalami gangguan mental. Dua petugas polisi mendekatinya setelah dia menyebabkan keributan publik di jalan-jalan Turin. Apa yang terjadi masih belum diketahui, tetapi cerita yang sering diulang segera setelah kematiannya menyatakan  Nietzsche menyaksikan seekor kuda dicambuk di ujung lain Piazza Carlo Alberto, berlari ke kuda itu, melingkarkan lengannya di lehernya untuk melindunginya, dan kemudian jatuh bersama di tanah.