Hubungan antara eksistensi suatu spesies dengan fungsinya dalam ekosistem, ataupun korelasi antara eksistensi suatu organ dengan fungsinya dalam tubuh suatu organisme, ataupun fungsi gen tertentu dalam DNA tidak harus sepenuhnya linear, tidak sepenuhnya kita ketahui, sehingga kita tidak secara gegabah menganggap eksistensi spesies, organ, dan gen itu tidak bermanfaat. Peran organ dan spesies bisa saja sebagai jaring pengaman atau sistem pertahanan yang fungsinya baru terlihat ketika kondisi ekosistem dan spesies terancam.
Cyanobacteria
Bakteri disepakati sebagai organisme pertama yang ada di Bumi, sedangkan Cyanobacteria adalah spesies bakteri yang muncul paling awal. Kesepakatan ini didasarkan oleh fakta fosil dan oleh karena kemampuannya untuk hidup di kondisi yang ekstrim. Kondisi ekstrim ini mirip dengan kondisi Bumi awal.
Jika kebanyakan organisme berbasis metabolisme fotosintesis dan metabolisme ATP, maka cyanobacteria mengembangkan metabolisme berbasis metana, belerang, bahkan besi. Tapi ternyata bukan cuma bakteri saja yang sanggup hidup di kondisi ekstrim dan mengembangkan metabolisme berbasis metana, sulfur, dan besi, tapi juga sejumlah besar archea dan eukariotik seperti jamur. Ini merupakan indikasi bahwa sejak awal kehidupan ada di Bumi ini, rantai makanan sudah terbentuk lengkap. Organisme semacam bakteri, archea, dan jamur sudah lengkap ada membentuk rantai makanan.
Rantai makanan awal itu semakin lengkap dengan hadirnya bakteri predator yaitu bakteri yang memakan bakteri lainnya dan virus yang memakan bakteri.
Kalau dilihat dari sisi kompleksitas, seharusnya virus lebih dulu muncul di Bumi, ketimbang bakteri. Dibandingkan virus, maka bakteri lah yang paling berhasil mengembangkan mekanisme yang lebih rumit dan mandiri. Bakteri bisa langsung mencerna materi abiotik.
Sedangkan jika dilihat dari kemampuannya menangkap karbondioksida, maka seharusnya bakteri predator lebih dulu hadir di bumi ketimbang bakteri non predator. Ini karena bakteri predator berlipat kali lebih banyak menangkap karbondioksida ketimbang bakteri non predator.
Atas dasar pertimbangan rantai makanan, dan kemandirian hidup inilah, Cyanobacteria ditempatkan pada posisi paling dasar dari Pohon Kehidupan.
Apapun skenario awal kehidupan biologi ada di Bumi, serta apapun organisme yang lebih dulu muncul di Bumi, tetap saja rantai makanan sudah ada lengkap terbentuk sejak awal sebagai satu kesatuan paket kehidupan di Bumi.
Evolusi Cyanobacteria dan Virus
Cyanobacteria berevolusi menjadi bakteri predator yang memakan dirinya? Jika demikian, ini bertentangan dengan konsep evolusi itu sendiri. Konsep evolusi mengarahkan kepada survival of the fittest melalui natural selection. Natural selection seharusnya membentuk Cyanobacteria yang superior dengan membangun pertahanan diri yang lebih baik.