Ketiga, menjadikan al-Quran  sebagai  pengawal  dari setiap  kerja  sains.  Al-Quran dan hadis bukan sekedar menjadi pelengkap, tetapi sumber rujukan.
- lmu Pengetahuan Mendukung ImanÂ
Secara aktual manusia memang belum, dan mungkin tidak akan pernah, memahami seluruh alam raya. Namun secara potensial, manusia dapat memahami alam itu. Ketika rahasia alam terpecahkan, baik hal kecil dalam diri manuisia sendiri maupun hal besar di dunia, maka pada saat itulah manusia akan menyadari sepenuhnya kebenaran ilahi.
Akan Kami perlihatkan kepada mereka (manusia) tanda-tanda Kami di seluruh cakrawala dan dalam diri mereka sendiri, sehingga akan menjadi jelas bagi mereka bahwa Al-Quran atau bisa juga Tuhan itu benar adanya. QS. Fushshilat (41): 53
Namun manusia, dalam memanfaatkan alam itu harus tidak membatasi diri hanya untuk tujuan mengeksploitasi alam, tetapi ia harus memanfaatkan alam sekitar sebagai wadah ilmu pengetahuan dan dalam membina hubungan yang serasi dan harmonis dengan sesama makhluk. Oleh karena itu, manusia tidak harus bersikap berlebihan, manusia harus juga menunjukkan sikap-sikap yang lebih apresiatif terhadap alam lingkungannya. Sebab, meskipun alam ini memang benar berkedudukan lebih rendah daripada manusia, namun hal itu terjadi hanya dalam hirarki kosmis yang bersifat batiniyyah, yang terbebas dari dimensi ruang dan waktu, seluruh alam dan manusia adalah sama-sama makhluk Allah. Seperti dalam ayat berikut ini: Tidaklah seekor pun binatang yang melata di bumi, dan tidak pula seekorpun burung yang terbang dengan kedua sayapnya melainkan umat-umat seperti kamu. Penegasan ini terkait dengan berbagai penjelasan tentang alam raya yang selalu bertashbih kepada Allah, demikian juga semua benda-benda tanpa kecuali juga selalu bertashbih kepada Allah. Seluruh langit yang tujuh dan bumi bertashbih memujinya, dan juga makhluk hidup di dalmnya. Oleh karena itu, sekalipun manusia merupakan makhluk paling mulia, dan sekalipun alam ini dibuat lebih rendah agar dapat digunakan oleh manusia, tetapi hubungan manusia dengan alam sekitarnya harus disertai dengan sikap yang sewajarnya, dengan melihat alam sebagai sumber ajaran dan pelajaran untuk menerapkan sikap tunduk kepada Allah. Manusia harus menghubungkan alam sekitarnya dalam bertashbih memuji Allah, yakni dengan memelihara keseimbangan alam itu dan menunbuhkannya ke arah yang lebih baik, bukan dengan cara melakukan kerusakan dan pengrusakan di dunia. Dengan demikian, ilmu pengetahuan dunia tidak bermakna, jika tidak dibarengi mengenai keadaannya, potensi-potensinya, resiko-resiko yang dihadapinya sebagai manusia, dan nasibnya di akhirat kelak.
Tidak pernahkah mereka berjalan di atas bumi sehingga mereka memiliki hati untuk memahami dan memiliki telinga untuk mendengar? Karena yang buta bukanlah mata, tetapi hati di dalam hati mereka. (AlHajj/22: 46)
Itulah sebabnya mengapa Al-Quran mementingkan tiga macam pengetahuan untuk manusia. Pertama, pengetahuan menganai alam yang telah dibuat oleh Allah tunduk kepada manusia atau sains-sains alamiah. Kedua, pengetahuan sejarah dan geografi. Dalam hal ini, Al-Quran senantiasa mendesak manusia agar "berjalan di muka bumi" sehingga dapat menyaksikan apa yang terjadi pada kebudayaankebudayaan di masa lampau dan mengapa kebudayaan-kebudayaan itu bisa bangkit dan runtuh. Ketiga, pengetahuan mengenai dirinya sendiri karena "Kami akan memperlihatkan kepada mereka tanda-tanda Kami di dalam cakrawal dan di dalam diri-diri mereka sendiri sehingga mereka dapat memahami kebenaran -- Tidak cukupkah Tuhanmu sebagai saksi tyerhadap sestiap sesuatu? (41:53)23
Ilmu pengetahuan ini adalah ilmu pengetahuan ilmiah karena didapatkan dari hasil pengamatan manusia sendiri, tetapi ilmu pengetahuan ini pada akhirnya harus dimaknai dan mampu menghidupkan iman dan pandangan batin manusia. Tanpa memiliki persepsi batin ini, ilmu pengetahuan dan teknologi itu dapat menjadi kekuatan yang sangat berbahaya. Dengan demikian, pengembangan ilmu pengetahuan, di satu sisi, haruslah dibarengi dengan kekuatan iman dan penajaman persepsi batin di sisi lain.
Integrasi ilmu pengetahuan dan teknologi, filsafat, dan agama sangat mungkin karena obyek kajiannya mempunyai kesatuan sumber. Integrasi ketiga tahapan tersebut sebenarnya merupakan wujud integrasi dari perpanjangan ayat-ayat Allah. Integrasi ilmu pengetahuan dan iman merupakan tuntutan realitas kehidupan itu sendiri di mana keduanya dapat saling melengkapi. Jika ilmu pengetahuan digunakan untuk memecahkan persoalan-persoalan dunia dan maknanya terhadap sesuatu hal, memberikan wawasan kepada manusia dan selanjutnya keimanan memberikan arah dan tujuan yang paling akhir dari hidup manusia agar semua proses itu berjalan sebagai bagian dari penghambaannya kepada Tuhan dalam segi keagamaan.
Inilah maksud dari apa yang dikatakan oleh Kuntowijoyo bahwa ayat Al-Quran hendaknya Sebagai landasar teori (grand theory) dalam meneliti dan menyelidiki ayat-ayat Tuhan yang tersebar alam, diri manusia dan sejarah. Sebaliknya, maka temuan-temuan inilah yang harus dipakai untuk menjustifikasi kebenaran kalam Tuhan yang tersurat dalam Al-Qur'an. Akan Kami perlihatkan ayat-ayat Kami yang terdapat di berbagai ufuq dan dalam diri mereka sendiri sampai menjadi jelas bahwa ayat-ayat yang tersurat dalam AlQur'an adalah benar. Belum cukupkah bahwa Tuhanmu Maha menyaksikan segala sesuatu. (Qs. Hamim As-Sajdah: 53).
- Dalil Integrasi Iman dan Ilmu
Pada dasarnya ilmu pengetahuan (sains) sudah ada sejak manusia (Adam) diciptakan, bahkan ilmu pengetahuan sudah melekat dalam diri manusia, hal ini disyaratkan oleh al-Qur'an dimana Allah SWT. yang langsung mengajarkan kepada Adam nama-nama benda yang sudah diciptakan sebelumnya. Dan nama benda tersebut mengandung arti sebagai unsur-unsur pengertian, baik yang ada di dunia maupun di akhirat. Kemudian pengetahuan itu pula yang memberikan Adam tempat yang mulia diantara makhluk-makhluk yang ada, termasuk malaikat yang diperintahkan oleh Allah SWT untuk sujud sebagai penghormatan kepada Adam. Rasa hormat yang diberikan kepada Adam itu merupakan simbol pengakuan manusia atas keunggulannya. Keunggulan itu disebabkan oleh pengetahuan atas nama-nama benda yang diajarkan oleh Allah SWT kepadanya dan bukan karena keshalehannya, karena sudah pasti dalam keshalehan, para malaikat lebih unggul dari Adam. Selain pengetahuan sebagai alasan bentuk perhormatan kepada Adam, proses penciptaannya pun merupakan sebaik-baiknya, yang membuat kemuliaan tersendiri manusia. Pengetahuan atau dalam bahasa Arab disebut ilmun, tidak bisa dipungkiri bahwa ilmu merupakan suatu faktor penentu kemajuan suatu bangsa dan masyarakat. Bangsa yang maju biasanya ditandai dengan tingkat pengetahuan yang baik dalam segala aspek kehidupan.
Begitu tingginya nilai ilmu dalam peradaban manusia, Allah menegaskan dalam Al-Qur'an bahwa Dia akan meninggikan derajat orang-orang yang berilmu dan beriman sebagaimana dalam QS. Al-Mujadilah, 58 : 11, Allah Berfirman:
