Mengetahui pemerintahannya sedang digerogoti oleh JK, Presiden Gus Dur ketika itupun langsung memecatnya secara tidak hormat. Boleh jadi ketika itu Gus Dur memandang pejabat (menteri) seperti Jusuf Kalla hanya bagai sampah yang hanya mengotori pemerintahannya sekaligus dapat membuat era Reformasi menjadi busuk.
Menurut sumber, JK banyak memasukkan adik dan keluarganya ke Bulog. Selain itu, ia diduga telah melakukan intervensi dengan memenangkan tender PLTN untuk adiknya. Juga JK diduga telah melakukan monopoli usaha di Bekasi, dan di sejumlah daerah lainnya.
Dugaan kelakuan busuk (KKN) JK tersebut terungkap dalam Rapat Konsultasi Tertutup antara Pemerintah dan DPR di Gedung DPR, Jakarta (27 April 2000). Presiden Gus Dur mengungkapkan, bahwa JK sebagai Menteri Perdagangan harus dipecat karena terlibat dalam sejumlah kasus Korupsi Kolusi dan Nepotisme (KKN). Informasi mengenai hal tersebut saat itu kemudian dibenarkan Ketua Fraksi Partai Golkar, Eki Syachrudin, kepada Pers usai rapat konsultasi di hari itu.
Sayangnya, Gus Dur mengungkapkan kasus KKN yang dilakukan JK tersebut hanya disampaikan di hadapan sekitar 40 pimpinan dan sejumlah anggota Dewan yang mengikuti Rapat Konsultasi tertutup tersebut. Karena sudah dinilai cukup bukti, Gus Dur sebagai presiden ketika itu pun merasa cukup mengambil tindakan tegas dengan langsung memecat JK tanpa harus mengajukan masalahnya ke proses hukum yang justru akan lebih bertele-tele dan hanya menghabiskan waktu serta materi yang tidak sedikit.
Tampaknya, pemecatan tersebut merupakan tamparan keras dan hantaman yang amat memalukan dalam hidup JK. Sehingga sepertinya JK menaruh dendam terhadap Gus Dur dan para loyalisnya.
Dari pasca pemecatan tersebut, ada intuisi kemudian yang mengganggu di pikiran saya: “Jangan-jangan karena dendam, JK lalu berperan besar dalam melengserkan Gus Dur dari kursi presiden? Apa iya?? Entahlah?! Yang jelas, begitu Megawati Soekarnoputri naik mengganti kedudukan Gus Dur sebagai presiden, nama JK malah kembali nongol di jajaran kabinet Gotong Royong, dan tak tanggung-tanggung posisi JK malah di atas lebih tinggi dari sebelumnya, yakni sebagai Menko Kesra. Sementara, para loyalis Gus Dur tak satupun yang diberi kedudukan di dalam kabinet, seperti Rizal Ramli dan Mahfud MD.
Namun sebagai mantan Menko Perekonomian di era Presiden Gus Dur, Rizal Ramli tentu sangat tahu persis karakter, niat-niat dan kelakuan “busuk” JK. Sehingga sebagai salah satu tokoh pergerakan perubahan (aktivis) sejak dulu, pun sebagai loyalis Gus Dur, Rizal Ramli pun tak ingin tinggal diam.
Yakni, Rizal Ramli sudah pasti bertekad dan menyatakan perang melawan KKN yang dilakukan oleh pejabat negara seperti JK yang lebih cenderung mendahulukan urusan pribadi serta bisnis daripada bangsa dan negara. Sehingga itu, Rizal Ramli bertekad untuk tidak membiarkan negara ini secara leluasa dikuasai oleh orang seperti JK yang kelihatannya sering berusaha tampil bagai malaikat tetapi sesungguhnya berhati iblis.
Dan sepertinya, JK pun sudah mengetahui bahwa Rizal Ramli ibarat “titisan” Gus Dur yang selalu menjadi penghambat dalam mengejar impiannya untuk menjadi pengusaha super-sukses dengan menggunakan kekuasaan sebagai sang penguasa. Sehingga itu, nampaknya JK pun bertekad untuk tidak membiarkan mimpi-mimpi indahnya dikacaukan oleh Rizal Ramli.
Dan untuk sementara, JK nampaknya berhasil melaksanakan tekadnya tersebut. Yakni, pada Kamis tengah malam, pukul 23.40 WIB (21 Oktober 2004), Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) mengumumkan susunan kabinetnya, dan ternyata nama Rizal Ramli tidak termasuk di dalamnya. Padahal sebelumnya, Rizal Ramli sudah mendapat kepastian dari istana Presiden sebagai salah satu menteri yang akan mengisi Kabinet Indonesia Bersatu (KIB).
Boleh jadi karena adanya tarik-menarik dan “kebimbangan” Presiden SBY kala itu yang membuat pengumuman susunan kabinet tersebut menjadi tertunda 3 jam 40 menit, dari rencana sedianya akan diumumkan pada pukul 20.00 WIB.
