Mekanisme pemeriksaan pajak pada Wajib Pajak yang mengajukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak dilakukan dengan Pemeriksaan Kantor. Untuk melakukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak, Wajib Pajak harus memenuhi dua persyaratan yang disyaratkan oleh Direktorat Jenderal Pajak. Adapun persyatan tersebut yaitu laporan keuangan Wajib Pajak untuk Tahun Pajak yang diperiksa harus sudah diaudit KAP atau laporan keuangan salah satu Tahun Pajak dari 2 Tahun Pajak sebelum Tahun Pajak yang diperiksa telah diaudit KAP serta harus mendapatkan hasil audit berupa pendapat wajar tanpa pengecualian. Syarat kedua yaitu Wajib Pajak tidak sedang dilakukan Pemeriksaan Bukti Permulaan, Penyidikan, atau Penuntutan Tindak Pidana Perpajakan, dan/atau Wajib Pajak dalam 5 tahun terakhir tidak pernah dipidana karena melakukan tindak pidana di bidang perpajakan. Setelah hal tersebut dipenuhi, maka Wajib Pajak akan dilakukan pemeriksaan pajak sehingga apabila memang eligible untuk mendapatkan pengembalian kelebihan pembayaran pajak, maka Wajib Pajak akan mendapatkan pengembalian kelebihan pembayaran pajak.
2. Terdapat data konkret yang menyebabkan pajak yang terutang tidak atau kurang dibayar
Dalam Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-9/PJ/2023 Tentang Penyelesaian Tindak Lanjut atas Data Konkret, dijelaskan bahwa Wajib Pajak diberikan kepercayaan untuk menghitung, memperhitungkan, menyetor, dan melaporkan sendiri kewajiban perpajakan dalam Surat Pemberitahuan. Direktur Jenderal Pajak dalam rangka pengawasan pemenuhan kewajiban perpajakan memiliki kewenangan melakukan pengujian kepatuhan Wajib Pajak berdasarkan data dan/atau informasi yang dimiliki dan disampaikan.
Pajak terutang yang dimiliki oleh Wajib Pajak tentu harus dilunasi sebagaimana jumlah yang sesuai dengan yang sebenarnya. Dalam keadaan tertentu, Wajib Pajak mungkin saja memiliki pajak terutang yang belum dibayar namun Wajib Pajak tidak mengetahui atau belum mengetahui hal tersebut. Selain kondisi itu, mungkin saja Wajib Pajak sudah melunasi kewajiban pajaknya namun ternyata jumlah pembayaran atas utang pajak tersebut masih kurang dibayar. Atas kedua kondisi yang disebutkan, maka Wajib Pajak akan dilakukan pemeriksaan untuk mengecek kebenaran atas pajak yang terutang tidak dibayar atau pajak terutang yang kurang dibayar.
Mekanisme pemeriksaan pajak atas transaksi - transaksi yang dilakukan tentu mencakup seluruh transaksi, salah satunya adalah transaksi perpajakan internasional. Sebagai contoh, apabila perusahaan melakukan pembayaran atas jasa luar negeri, maka tarif pajak yang digunakan adalah tarif pajak PPh pasal 26 sebesar 20%. Namun Wajib Pajak menilai bahwa PPh 26 tidak tepat digunakan karena lawan transaksi perusahaan tersebut telah memenuhi kelifikasi untuk menggunakan tax treaty. Dengan demikian, sesuai dengan ketentuan dalam tax treaty, (diasumsikan dalam tax treaty bahwa atas transaksi tersebut dipajaki bukan di Indonesia), perusahaan mengenakan pajak sebesar 0% kepada lawan transaksi. Setelah diteliti oleh Direktur Jenderal Pajak, diketahui atas transaksi tersebut tidak layak atau tidak eligibel menggunakan tax treaty dan harus dikenakan PPh pasal 26 sebesar 20%. Atas hal tersebut, perusahaan harus membayar pajak terutang yang tidak dibayarkan tersebut. Dengan demikian, berdasarkan hal yang telah dijelaskan, perusahaan dapat dilakukan pemeriksaan oleh Direktur Jenderal Pajak.
3. Wajib Pajak menyampaikan Surat Pemberitahuan yang menyatakan lebih bayar, selain yang mengajukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak sebagaimana dimaksud pada poin 1
Ketika menunaikan kewajiban perpajakan, tentu akan terdapat sebuah kondisi dimana terjadi salah hitung atas utang pajak yang menyebabkan pembayaran atas utang pajak tersebut melebihi dari nilai yang seharusnya terutang. Dapat juga ketika wajib pajak sudah melaporkan Surat Pemberitahuannya, ternyata setelah diteliti lebih lanjut oleh Direktur Jenderal Pajak, terdapat bukti yang menyatakan bahwa Surat Pemberitahuan yang disampaikan lebih bayar. Atas kondisi ini, Direktorat Jenderal Pajak dapat melakukan pemeriksaan pajak. Surat Pemberitahuan yang menyatakan lebih bayar tentu dapat timbul dikarenakan beragam transaksi atau kejadian yang menyebabkan Surat Pemberitahuan tersebut menjadi lebih bayar. Ketentuan mengenai hal ini diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 39/PMK.03/2018 Tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak.
Mekanisme pemeriksaan pajak dalam transaksi internasional pada Wajib Pajak yang menyampaikan Surat Pemberitahuan yang menyatakan lebih bayar dapat terjadi karena salah satunya adalah keuntungan selisih kurs. Dalam melakukan transaksi lintas negara, pastinya tidak menutup kemungkinan bahwa perusahaan akan menggunakan mata uang asing. Dalam operasionalnya, tentu penggunaan mata uang asing ketika melakukan penjualan dan/atau pembelian barang dan/atau jasa akan menimbulkan perbedaan selisih kurs. Atas selisih kurs dalam transaksi internasional ini dapat berupa gain atau loss. Berdasarkan hal tersebut, terlihat jelas bahwa apabila Wajib pajak menyampaikan Surat Pemberitahuan yang menyatakan lebih bayar dikarenakan terdapat gain dalam kurs, maka Wajib Pajak tersebut akan dilakukan pemeriksaan. Adapun pemeriksaan yang dilakukan pada hakikatnya dilakukan secara menyeluruh dan bukan hanya berfokus pada aspen gain pada kurs.
4. Wajib Pajak yang telah diberikan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak
Dalam Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 39/PMK.03/2018 Tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak, terdapat beberapa kriteria yang dapat diberikan pengembalian pendahuluan atas kelebihan pembayaran pajak. Adapun kriteria yang dijelaskan dalam PMK 39/PMK.03/2018 yaitu Wajib Pajak tepat waktu dalam menyampaikan SPT; tidak mempunyai tunggakan pajak untuk semua jenis pajak, kecuali tunggakan pajak yang telah memperoleh izin mengangsur atau menunda pembayaran pajak; laporan keuangan diaudit oleh KAP atau lembaga pengawasan keuangan pemerintah dengan pendapat wajar tanpa pengecualian selama 3 Â tahun berturut-turut; dan tidak pernah dipidana karena melakukan tindak pidana di bidang perpajakan berdasarkan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap dalam jangka waktu 5 tahun terakhir.
Mekanisme pemeriksaan pajak pada poin ini memiliki kesamaan konsep dengan poin 1 dalam aspek kepatuhan perpajakan internasional serta mekanisme pemeriksaan pajak. Mekanisme pemeriksaan pajak bersifat relevan dikarenakan Direktur Jenderal Pajak perlu mengecek kebenaran atas kelebihan pembayaran pajak yang diajukan untuk dilakukan pengembalian, khususnya transaksi yang berkaitan dengan pembayaran transaksi internasional. Dengan demikian, hal ini dapat mengurangi kerugian negara yang disebabkan karena penghindaran pajak yang dilakukan oleh Wajib Pajak.
