Selanjutnya dalam Pasal 29 ditentukan  upaya menjaga keseimbangan antara kepentingan pemanfaatan dan kepentingan pelestarian fungsi lingkungan pesisir dan pulau-pulau kecil, pelaksana reklamasi wajib mengurangi dampak sebagai berikut:
1) perubahan hidro-oceanografi yang meliputi arus, gelombang, dan kualitas sedimen dasar laut;
2) perubahan sistem aliran air dan drainase;
3) peningkatan volume/frekuensi banjir dan/atau genangan;
4) perubahan batimetri;
5) perubahan morfologi dan tipologi pantai;
6) penurunan kualitas air dan pencemaran lingkungan hidup; dan
7) degradasi ekosistem pesisir.
Terkait dengan material reklamasi, baik dalam pengambilan, pengerukan, dan penimbunan, dalam Pasal 30, menentukan pelaksana reklamasi juga wajib memperhatikan pelestarian lingkungan. Material reklamasi merupakan tanah dominan pasir dan tidak mengandung bahan berbahaya dan beracun. Ditegaskan bahwa metode pengambilan, pengerukan, dan penimbunan material yang digunakan tidak mengakibatkan pencemaran lingkungan hidup, merusak ekosistem, semburan lumpur (mud explosion), gelombang lumpur (mud wave), bencana pesisir serta mematikan keberlanjutan kehidupan dan penghidupan masyarakat.
Konsekuensi Permasalahan Ekonomis
Pembuatan 17 pulau buatan tentunya memerlukan biaya yang tidaklah sedikit. Terlebih, dalam pelaksanaan Reklamasi Teluk Jakarta pemerintah menggandeng pihak swasta dalam pembangunan pulau-pulau buatan tersebut. Kompleksita konsekuensi permasalahan ekonomis tidak hanya bersangkutan dengan presentasi keuntungan investasi semata, melainkan juga mencakup sejauh mana lahan hasil reklamasi mampu meningkatkan kesejahteraan masyarakat.Â