MIPI dibentuk melalui Undang-Undang (UU) No.6 Tahun 1956. Pada tahun 1962, pemerintah membentuk Departemen Urusan Riset Nasional (Durenas) dan menggabungkan MIPI ke dalamnya. Saat itu Durenas dipimpin Menteri Urusan Riset Nasional (Soedjono Djoened Poesponegoro) yang berada di bawah Menteri Koordinator Kompartemen Produksi, kemudian pindah ke bawah Menteri Koordinator Kompartemen Pembangunan.
Pada 1966, Durenas naik status menjadi Lemrenas, dipimpin Menteri Lembaga Research Nasional (Suhadi Reksowardojo), berada di bawah Wakil Perdana Menteri untuk Hubungan dengan Institusi Politik. Setahun kemudian lembaga ini dibubarkan, berganti LIPI.
Saat ini, dari sekian banyak wewenang LIPI, taka da yang sungguh berkaitan dengan wewenang Badan Riset Nasional seperti yang diinginkan Megawati. LIPI benar-benar sekadar lembaga riset. Bedanya ia memiliki otoritas melakukan sejumlah standarisasi dan mengukuhkan professor riset. Wewenang memberikan rekomendasi pada kebijakan pemerintah terbatas pada hal konservasi keanekaragaman hayati.
Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia (AIPI)
AIPI seharusnya merupakan lembaga riset dan ilptek tertua bentukan pemerintah. Ia direncanakan sebagai upgrade dari MIPI. Sayangnya naskah akademis RUU perubahan MIPI yang telah siap sejak 1962 tidak pernah diproses lanjut.
Ketika LIPI didirikan, salah satu tugasnya adalah membentuk AIPI. Namun tugas ini tak kunjung berhasil dijalankan hingga akhirnya pembentukan AIPI diambilaih Kemenristek pada 1983.
Pada 1990, AIPI akhirnya berhasil dibentuk melalui Undang-undang Nomor 8 Tahun 1990 tentang Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia.
AIPI hanya semacam klub para pakar yang sewaktu-waktu dapat dimintai pendapat oleh pemerintah atau sebaliknya atas inisiatif sendiri memberikan pertimbangan kepada pemerintah mengenai mengenai pengembangan dan pemanfaatan Iptek.
AIPI memiliki lembaga pendana riset yang disebut Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (DIPI) yang dibentuk pada 2016. DIPI menggalang dana dari luar negeri (yang paling banyak membantu ya pemerintah Australia, AS, dan Inggris), swasta nasional dan Pemerintah Indonesia (Kementerian Keuangan melalui LPDP) untuk disalurkan sebagai hibah kepada peneliti.
Sebagai cuma sebuah klub ilmuwan, AIPI tentu jauh dari kapasitas sebuah Badan Riset Nasional yang diinginkan Megawati.
Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT).