Wilayah Pengelolaan diusulkan terdiri atas: Wilayah Pengelolaan Darat, dan Wilayah Pengelolaan Laut. Wilayah Pengelolaan Laut Daerah Provinsi Kepulauan diusulkan sejauh 4 - 12 mil diukur dari garis pangkal kepulauan ke arah laut lepas, yang mencakup perairan pedalaman, perairan kepulauan, dasar laut dan tanah di bawahnya, termasuk sumber kekayaan yang terkandung di dalamnya. Sedangkan untuk Wilayah Pengelolaan Laut Daerah Kabupaten/Kota Kepulauan, diusulkan paling jauh 4 mil yang diukur dari garis batas pantai ke arah laut lepas dan/atau perairan kepulauan. Usulan tentang Wilayah Pengelolaan Laut untuk Daerah Kepulauan tersebut dilakukan dengan jalan memulihkan kewenangan Daerah Kepulauan terhadap wilayah lautnya sesuai dengan undang-undang pembentukan daerah masing-masing.
Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Pemerintahan Daerah Provinsi Kepulauan dan Kabupaten/Kota Kepulauan diusulkan terdiri atas: urusan pemerintahan konkuren dan urusan pemerintahan umum. Untuk Daerah Provinsi Kepulauan diusulkan untuk diberikan tambahan kewenangan tertentu atas urusan pemerintahan yang meliputi bidang: kelautan dan perikanan, perhubungan, energi dan sumber daya mineral, pendidikan tinggi, kesehatan, perdagangan antar pulau dalam skala besar, dan ketenagakerjaan. Untuk Daerah Kabupaten/Kota Kepulauan, diusulkan untuk diberikan penguatan kewenangan tertentu atas urusan pemerintahan yang meliputi bidang: kelautan dan perikanan, pendidikan, kesehatan, dan perhubungan darat.
Terkait dengan uang, pendanaan pembangunan Kepulauan bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) dan/atau Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD). Pemerintah dan/atau Pemerintah Daerah Kepulauan menyusun anggaran pelaksanaan pendanaan pembangunan Daerah Kepulauan dengan memperhatikan karakteristik Daerah Kepulauan. Seiring dengan adanya penambahan tanggung jawab dalam hal ruang dan urusan bagi Daerah Kepulauan serta dalam upaya untuk mengejar ketertinggalan pembangunan di Daerah Kepulauan dibandingkan dengan daerah yang lain, untuk Daerah Kepulauan diusulkan diberikan Dana Khusus Kepulauan (DKK), yang besarnya paling sedikit 5% (lima persen) dari dan di luar pagu Dana Transfer Umum (DTU) dalam APBN.
DKK tersebut diprioritaskan untuk membantu mendanai pengembangan sektor ekonomi kelautan prioritas dan pembangunan sarana dan prasarana laut, darat dan udara sesuai karakteristik Daerah Kepulauan. DKK diperuntukkan bagi dan dikelola Pemerintah Daerah Kepulauan yang pengalokasian dan penyalurannya melalui mekanisme transfer ke daerah. Dari simulasi yang dilakukan, usulan pemberian DKK tersebut tidak signifikan dalam meningkatkan defisit APBN. Kondisi Keuangan Negara (APBN) memungkinkan bagi Pemerintah untuk mengalokasikan DKK selama defisit APBN tahun berjalam masih di bawah 2,8% dari Produk Domestik Bruto (PDB).
Pemerintah Daerah Kepulauan menyelenggarakan pembangunan Daerah Kepulauan yang meliputi: perencanaan pembangunan, sektor ekonomi kelautan prioritas, dan sarana dan prasarana daerah. Daerah Kepulauan menyusun Perencanaan pembangunan Daerah Kepulauan berdasarkan kesatuan ruang darat, ruang laut, dan ruang udara yang utuh, komprehensif, dan terintegrasi. Perencanaan pembangunan ini berbasis gugus Pulau dan kawasan laut. Terdapat 11 (sebelas) sektor ekonomi kelautan prioritas di Daerah Kepulauan, yaitu perikanan tangkap, perikanan budi daya, industri pengolahan hasil perikanan, industri bioteknologi, pertambangan dan energi sumber daya mineral, pariwisata bahari, pelayaran, jasa kelautan, sumber daya wilayah Pulau kecil, hutan mangrove, dan sumber daya baru dan terbarukan.
Daerah Kepulauan memprioritaskan pembangunan sarana dan prasarana laut, darat dan udara sesuai karakteristik Daerah Kepulauan masing-masing, yang terdiri atas dermaga perhubungan laut, dermaga pelabuhan perikanan, kapal umum, kapal perikanan, kapal riset perikanan, laboratorium perikanan, balai riset perikanan, gudang pendingin perikanan, tempat pelelangan ikan, menara mercusuar, dan markas keamanan laut. Â Sarana dan prasarana darat tersebut terdiri atas: pendidikan berbasis kepulauan, kesehatan berbasis Kepulauan, pertanian berbasis kepulauan, dan Perikanan darat.
Pemerintah dan Pemerintah Daerah mengakui dan melindungi hak masyarakat di Daerah Kepulauan, yang terdiri atas: masyarakat hukum adat, masyarakat lokal, dan masyarakat tradisional. Pemerintah dan Pemerintah Daerah diusulkan memberikan perlakuan khusus bagi masyarakat di pulau kecil, terluar dan terisolir, meliputi: jaminan pemenuhan kebutuhan fisik dasar dan perlindungan dari cuaca buruk dan ekstrem, perlindungan dari ancaman negara lain dan/atau kekuatan lain, layanan pendidikan dasar dan menengah, dan kesehatan yang ditanggung oleh negara, bantuan biaya studi di sekolah tinggi perikanan, perhubungan, kesehatan dan pendidikan yang diselenggarakan oleh kementerian terkait, perlindungan kesehatan gratis secara umum termasuk untuk persalinan, dan penyediaan angkutan perairan secara berkala dan terus menerus sepanjang tahun dalam bentuk pelayaran perintis dan/atau penugasan.
Selanjutnya mengenai pengelolaan dan pemanfaatan pulau kecil terluar, diatur bahwa Pemerintah dan Pemerintah Daerah Kepulauan mengelola pulau kecil terluar, yang dilakukan secara terpadu dan didanai melalui APBN dan/atau APBD. Pengelolaan pulau kecil terluar ini dilakukan dalam rangka: menjaga keutuhan wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia, keamanan nasional, pertahanan negara dan bangsa serta menciptakan stabilitas kawasan, memanfaatkan sumber daya alam dalam rangka pembangunan yang berkelanjutan, dan memberdayakan masyarakat dalam rangka peningkatan kesejahteraan. Pengelolaan meliputi bidang: sumber daya alam dan lingkungan hidup, infrastruktur dan perhubungan, pembinaan wilayah, pertahanan dan keamanan, dan ekonomi, sosial, dan budaya.
Dalam kaitannya dengan partisipasi masyarakat, Pemerintah Daerah mendorong partisipasi masyarakat melalui berbagai kegiatan seperti: penyusunan perencanaan pembangunan Daerah Kepulauan, penyusunan kebijakan kelautan di Daerah Kepulauan, pengelolaan dan pengembangan sumber daya laut, dan sebagainya.Â
RUU tentang Daerah Kepulauan ini diakhiri dengan Ketentuan Penutup yang mengatur tentang  semua Peraturan Perundang-undangan yang berkaitan langsung dengan Daerah Kepulauan wajib mendasarkan dan menyesuaikan pengaturannya pada Undang-Undang ini pada saat Undang-Undang ini mulai berlaku.
Substansi yang terkandung dalam RUU tentang Daerah Kepulauan ini bertolak dari aspirasi langsung masyarakat di daerah-daerah kepulauan. Aspirasi yang dikemukakan menghendaki adanya wewenang yang lebih bermakna dalam elemen ruang, urusan dan uang/pendanaan, serta pengelolaan sumber daya laut dan perikanan dalam Daerah Kepulauan oleh Pemerintah Daerah setempat.
