program pendidikan harus diperbaharui, dibangun kembali atau dimodernisasi sehingga dapat memenuhi harapan dan fungsi yang dipikulkan kepadanya.
   Program pendidikan yang harus diperbaiki, diperbarui dan dibangun kembali tersebut, termasuklah perumusan ulang visi, tujuan, kurikulum, manajemen lembaga, metode dan strategi pendidikan, sarana prasarana, administrasi dan lain sebagainya. Tentunya perbaikan tersebut disesuaikan dengan perkembangan dan tuntutan zaman, sehingga lulusan atau alumni dari pondok pesantren tersebut mampu membaur dan melebur di tengah-tengah masyarakat. Dan keberadaannya pun dirasakan oleh masyarakat, sehingga dia mampu memberikan corak keislaman dalam kehidupan.
Problem Madrasah
   Permasalahan dalam proses pendidikan Islam di madrasah dirasakan juga begitu komplek, diantaranya terkait kualitas pendidik dan non pendidiknya, kurikulum, sarana dan prasarana, dan pendanaan. Terkait kondisi pendidik dan non pendidiknya, pada madrasah negeri maupun swasta belum begitu mengembirakan. Karena masih ditemukannya kepala madrasah yang belum menjalankan tugas dan fungsinya dengan baik. Juga karyawannya, masih belum dapat menjalankan tugas dan fungsinya dengan baik, karena tidak didukung dengan professionalisme yang tinggi.
   Menyadari adanya sistem pendidikan nasional dan hak asasi anak untuk memilih bidang studi lanjutan dan lapangan kerja yang diinginkan, maka diusahakan agar anak-anak madrasah memperoleh kesempatan yang sama untuk memasuki perguruan Tinggi Umum. Demikian pula sebaliknya. Anak-anak dari jalur pendidikan umum memperoleh kesempatan yang sama untuk melanjutkan studi ke perguruan Tinggi Agama, seperti UIN. Hal ini diatur dalam Surat Keputusan Bersama (SKB) antara menteri pendidikan dan kebudayaan dengan menteri agama.
   Tetapi kenyataannya tetap menunjukkan adanya distingsi yang berbeda secara tajam. Anak-anak dari jalur pendidikan madrasah tidak mampu bersaing secara penuh dengan anak-anak dari sekolah umum dalam memasuki PTU. Demikian pula halnya dengan persoalan menggapai berbagai lapangan kerja. Sebaliknya anak-anak dari jalur pendidikan umum tidak mampu bersaing secara penuh dengan anak-anak madrasah dalam proses studi di IAIN dan meraih lapangan kerja keagamaan. Yang menyeleksi mereka adalah kompetensi mereka masing-masing.Â
Namun dalam tubuh madrasah itu sendiri, masih terdapat kesenjangan hak antara yang jurusan IPA, IPS dan IPK dari segi hak memilih untuk mendaftar keperguruan tinggi. Hal itu terlihat ketika anak yang dimadrasah jurusan keagamaan atau IPK, tidak akan pernah ada kesempatan untuk mengikuti SNMPTN. Yaitu peluang diterima diperguruan tinggi umum tanpa tes.Â
Karena kesempatan itu hanya dikhususkan untuk yang jurusan umum, yaitu jurusan IPA dan IPS. Sementara ketika peluang untuk mendaftar SPAN PTKIN, yaitu peluang diterima diperguruan tinggi agama Islam tanpa tes semua jurusan memiliki kesempatan untuk pengikuti pendaftaran tersebut. Baik jurusan IPA, IPS apalagi jurusan IPK
   Sedangkan untuk keberadaan kurikulum di madrasah masih terlihat belum fokus. Hal ini terlihat misalnya banyaknya materi yang diajarkan sementara waktunya tidak memadai atau bahkan overload pada tingkat Aliyah. Misalnya siswa yang ingin mendalami ilmu-ilmu keagamaan masih juga dibebani mata pelajaran lain yang tidak relevan dalam jumlah yang cukup banyak.Â
Sebaliknya siswa yang mengambil jurusan IPA harus pula dibebani dengan banyaknya mata pelajaran lain yang tidak berhubungan langsung. dalam kaca mata sebagian masyarakat, madrasah ini tidak terlalu jelas statusnya. Materi pelajaran umum mereka tidak sedalam di sekolah dan materi pelajaran agama mereka juga tidak sedalam di pesantren.Â
Meskipun untuk kondisi hari ini, sudah banyak ditemukannya lulusan madrasah yang mampu bersaing dengan lulusan sekolah umum dan pesantren. Di sisi lain, Penerapan satu kurikulum baru tidak dapat mendadak karena jauh sebelumnya sekolah yang bersangkutan sedang menggunakan kurikulum lama. Perubahan dari kurikulum lama ke kurikulum baru inilah yang sering menimbulkan masalah, karena perlu perangkat-perangkat dan visi baru untuk menyesuaikan diri dengan tuntutan kurikulum baru itu.