Pendidikan adalah sebuah proses, sekaligus sistem yang bermuara pada pencapaian kualitas manusia tertentu yang dianggap dan diyakini sebagai kualitas idaman. Untuk mewujudkan itu semua, Dr Zulmuqim menjelaskan bahwa dalam perkembangan ilmu dan teknologi, pendidikan Islam bertanggung jawab untuk mengarahkan kepada nilai-nilai Islami, di samping menggali, mempelajari dan mengembangkannya.Pada hakikatnya, semua ilmu pengetahuan adalah milik Allah dan datangnya juga dari Allah. Sehingga manusia sebagai hamba yang memiliki level tertinggi dalam peradaban, sudah seharusnya menjaga karakteristik dan nilai-nilai sebagai makhluk tertinggi.
Di era globalisasi saat ini untuk membenahi permasalahan yang cukup urgensi dalam  pendidikan islam dipondok pesantren dan madrasah juga harus dilihat dari karakteristik masing-masing lembaga pendidikan itu sendiri
Dalam meningkatkan pendidikan Islam di madrasah dan pesantren untuk mengidentifikasi problematika yang dihadapi harus memahami bagaimana mencari solusi pendidikan Islam untuk mencapai tujuan pendidikan yang diinginkan.keduanya merupakan lembaga penyelenggara pendidikan di Indonesia yang diatur dan diakui oleh pemerintah. Secara historis kemunculan kedua lembaga tersebut mempunyai hubungan antara satu dengan lainnya sehingga mempunyai ciri khas masing masing.
Prolem Pesantren
Permasalahan pendidikan islam pada saat ini adalah sebuah penomena yang terjadi di kalangan umat islam Pendidikan Islam diakui keberadaannya dalam sistem pendidikan yang terbagi menjadi tiga hal.
- Pendidikan Islam sebagai lembaga diakuinya keberadaan lembaga pendidikan Islam secara Eksplisit ( jelas tanpa ambiguitas)
- Pendidikan Islam sebagai Mata Pelajaran diakuinya pendidikan agama sebagai salah satu pelajaran yang wajib diberikan pada tingkat dasar sampai perguruan tinggi.
- Pendidikan Islam sebagai nilai (value) yakni ditemukannya nilai-nilai Islami dalam sistem pendidikan.
Walaupun demikian, pendidikan islam tidak luput dari problematika yang muncul di era global saat ini. Terdapat dua faktor dalam problematika tersebut, yaitu faktor internal dan faktor eksternal.
Rendahnya mutu sarana dan prasarana di pesantren dapat diketahui dari paparan Nurcholish Madjid berikut ini:
- Pengaturan "tata kota" --Istilah ini dipinjam dari planologi kota-- pesantren memiliki ciri yang khas, yaitu letak masjid, asrama atau pondok, madrasah, kamar mandi, WC umum, perumahan pimpinan, dan lain-lain umumnya sporadis.
- Kamar-kamar asramanya sempit, terlalu pendek, jendela terlalu kecil, dan pengaturannya pun semrawut. Selain itu minim peralatan, seperti dipan, meja kursi, dan tempat untuk menyimpan pakaian.
- Jumlah kamar mandi dan kakus (WC) tidak sebanding dengan banyaknya jumlah santri yang ada. Atau malah ada pesantren yang tidak menyediakan fasilitas ini sehingga para santrinya mandi dan buang air di sungai. Kalaupun ada kondisinya tidak memenuhi syarat sistem sanitasi yang sehat.
- Madrasah atau ruang kelas yang digunakan tidak memenuhi persyaratan metodikdidaktik atau ilmu pendidikan yang semestinya, seperti ukuran yang terlalu sempit atau terlalu luas. Antara dua ruang kelas tidak dipisahkan oleh suatu penyekat, ataupun kalau ada penyekatnya tidak tahan suara sehingga gaduh. Perabotannnya yang berupa bangku, papan tulis, dan lain-lain juga kurang mencukupi baik dari segi kualitas maupun kuantitasnya.
- Tempat ibadah (masjid/musholla) pada umumnya keadaannya juga mengecewakan: kebersihan lantainya kurang terjaga
Solusi Pesantren
   Melihat dari problematika diatas ada beberapa solusi yang dapat diberikan. Meskipun dalam realita sekarang, semua problem yang dijabarkan diatas tidak berlaku lagi pada beberapa pesantren yang mulai membuka diri Karena mereka menyadari bahwa pendidikan memiliki keterkaitan erat dengan globalisasi.Â
Dalam menuju era globalisasi, Indonesia harus melakukan reformasi dalam proses pendidikan, dengan tekanan menciptakan sistem pendidikan yang lebih komprehensif, dan fleksibel, sehingga para lulusan dapat berfungsi secara efektif dalam kehidupan masyarakat global demokratis.Â
Untuk itu, pendidikan harus dirancang sedemikian rupa yang memungkinkan para peserta didik mengembangkan potensi yang dimiliki secara alami dan kreatif dalam suasana penuh kebebasan, kebersamaan, dan tanggung jawab. Disamping itu, pendidikan harus menghasilkan lulusan yang dapat memahami masyarakatnya dengan segala faktor yang dapat mendukung mencapai sukses ataupun penghalang yang menyebabkan kegagalan dalam kehidupan bermasyarakat.