Selanjutnya semenjak Belanda masuk, perkembangan pemerintahan Kesultanan Kutai Kertanegara Ing Martadipura ada keterlibatan pengaruh Belanda, mulai dari perang hingga masuk dalam pemerintahan.
Sejarah juga mencatat, bahwa di Kalimantan Timur juga pernah berdiri Kerajaan Pasir, dan pada perkembangannya, kerajaan ini berada di bawah kekuasaan Kerajaan Kutai Mulawarman Martapura.
Tetapi setelah wibawa kerajaan tertua di Indonesia itu merosot akibat kalah perang melawan Kerajaan Kutai Kertanegara.
Sehingga Kerajaan Pasir segera melepaskan diri dan kembali berdiri sendiri lepas dari kekuasaan Kerajaan Kutai Kertanegara Martapura.
Kerajaan Pasir merupakan kelanjutan dari Kerajaan Sadurangas yang didirikan oleh orang-orang pelarian dari Kerajaan Kahuripan dan Kerajaan Daha di Kalimantan Selatan.
Pemimpin para pelarian ini adalah seorang wanita bernama Putri Petung. Kerajaan ini mencapai puncak kemajuannya di bidang sosial ekonomi semasa pemerintahan Sultan Aji Anom Singa Maulana pada pertengahan abad ke-17 Masehi.
Selanjutnya saat Belanda mulai masuk wilayah Nusantara, maka kerajaan Pasir kedepannya harus berseteru dengan Belanda.
Pada tahun 1400 Masehi, di Kalimantan Timur juga muncul Kerajaan Berau. Rajanya yang pertama adalah Baddit di Pattung yang bergelar Aji Raden Surianata Kesumaningrat.
Pusat Kerajaannya berada di daerah pedalaman sekitar Sungai Lati, Sungai Ulak, dan Sungai Pengawas, pada mulanya Kerajaan Berau berada di bawah kekuasaan Kutai Mulawarman Martapura.
