1. Jalur Jakarta-Depok-Bogor. Jalur ini melewati tak kurang dari 24 stasiun tujuan , inilah jalur tertua karena telah dioperasikan sejak tahun 1930.
2. Jalur Jakarta-Bekasi-Cikarang. Melewati tak kurang 16 stasiun tujuan. Dioperasikan sejak tahun 1987 dan menurut rencana akan dibuka jalur Bekasi- Cikarang pada tahun 2017.
3. Jalur Lingkar Jatinegara – Kampung Bandan – Depok-Bogor-Nambo. Jalur ini dibuka sejak 1987. Memiliki 28 stasiun tujuan (hingga bogor) dan 24 stasiun tujuan (hingga Depok)
4. Jalur Jakarta – Maja. Melewati 17 stasiun tujuan (hingga Maja) beroperasi sejak tahun 2013.
5. Jakarta – Kota Tangerang. Melewati 11 stasiun tujuan . beropersi sejak tahun 1997. Jalur ini sedang dalam pembangunan jalur kereta menuju Bandara Internasional Soekarno-Hatta.
6. Jalur Feeder. Jalur ini adalah jalur dalam kota yang melayani stasiun Jatinegara menuju Manggarai. Melewati 7 stasiun tujuan . Beroperasi sejak 2014.
Modernisasi Sistem Tiket dan Tarif
PT KCJ selain membenahi sistem kenyamanan didalam rangkaian kereta juga membenahi sistem tiket. Sistem tiket elektronic menjadi sebuah terobosan besar. Bahkan menjadi pionir dalam sistem tiket yang diikuti oleh moda Transjakarta (Busway).
Sistem tiket elektronik ini menjadi sebuah terobosan yang membuat wajah kereta api berubah menjadi modern dan profesional. Perubahan tiket manual berupa kertas menjadi e-ticketing sudah dimulai sejak tahun 2012.
Perubahan dari Kartu Trayek Bulanan(KTB)/ Kartu langganan sekolah(KLS) secara bertahap hingga tanggal 1 Juli 2013. Pada hari itu adalah tonggak dimulainya kartu elektronik yang dikenal dengan istilah Commuter Electronic Ticketing (Commet).
Kartu electronic ini tersedia dalam bentuk singgle trip dan Multi Trip . calon penumpang commuter melaksanakan transaksi pembelian katu singgle trip di loket. Pada awalnya kartu diberikan tidak berjamin. Ketika hal itu terjadi , ribuan kartu hilang di bawa penumpang tak bertanggung jawab. PT KCJ lalu melakukan sistem kartu berjamin. Awalnya uang jaminan kartu hanya Rp 5.000 dan dinaikkan menajdi Rp 10.000 dengan masa pengembalian selama 7 hari.