Selain memberikan beasiswa pelajar Indonesia untuk belajar di Timur-Tengah, pemerintah negara-negara Timur-Tengah juga banyak mendirikan lembaga pendidikan atau menjadi donatur berbagai lembagai pendidikan yang dimiliki oleh ormas-ormas Islam Indonesia seperti NU, Muhammadiyah, Persis, Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia (DDII), Al-Irsyad dan lain-lain.
Lembaga-lembaga dan individu dari beberapa negara-negara Timur-Tengah seperti Arab Saudi, Mesir, Qatar, Kuwait dan beberapa negara teluk lainnya sangat aktif bergerak dalam pendidikan dan dakwah di Indonesia, seperti mendatangkan dosen dari Perguruan Tinggi Al-Azhar Mesir ke berbagai Sekolah Tinggi Islam, Universitas dan berbagai lembaga Islam di Indonesia.
Yang mencengangkan, menurut satu sumber rahasia di Kementerian Agama Republik Indonesia, negara Iran sangat agresif sekali memberikan bantuan kepada lembaga-lembaga pendidikan dan pesantren serta memberikan beasiswa kepada ribuan pelajar Indonesia untuk belajar di berbagai perguruan tinggi di Iran. Tidak mengherankan jika perkembangan penganut Syiah dan lembaga pendidikannya berkembang sangat pesat di Indonesia.
Contoh lembaga pendidikan Islam di Indonesia yang disponsori negara Timur-Tengah adalah perguruan Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab (LIPIA) yang merupakan cabang Universitas Al-Imam Muhammad bin Saud di Riyadh, Arab Saudi.
Perguruan LIPIA berwatak salafi dengan tingkat yang beragam, namun banyak dipengaruhi oleh ideologi IM. Perguruan LIPIA telah banyak melahirkan alumni yang sukses, seperti Gubernur Jawa Barat Ahmad Heryawan dan mantan Presiden PKS, Anis Matta. Memang saat ini LIPIA sangat identik dengan para ikhwan yang aktif di Partai Keadilan Sejatera (PKS), walaupun tidak semua alumninya berafiliasi ke PKS.
Para alumni LIPIA menjadi figur yang sangat berpengaruh dalam gerakan salafi di Indonesia, khususnya sebagai penerbit, dai, guru dan ulama. Banyak alumni LIPIA mendirikan pesantren salafi dengan dukungan dana dari Arab Saudi.
Pesantren alumni LIPIA tumbuh pesat di Indonesia. Pesantren itu menjadi mekanisme bagi penyebaran ide-ide salafi ke para santrinya. Ke masyarakat ide-ide salafi disebarkan oleh Pesantren alumni LIPIA melalui kegiatan sosial serta pelatihan guru-guru dan dai salafi lokal.
Selain ajaran salafi, LIPIA juga menjadi ajang persemaian ide-ide gerakan IM. Banyak alumninya menganut pemikiran ikhwan. Termasuk yang kemudian menjadi pengurus PKS seperti yang sudah dijelaskan.
Walaupun ada banyak persamaan dalam hal keyakinan dan doktrin agama antara gerakan salafi dengan gerakan IM di LIPIA, namun tetap ada perbedaan.
Aktivisme IM yang terbuka dan sikap akomodasinya terhadap pluralisme politik dan keberagaman agama di Indonesia yang membedakan antara salafisme kontemporer dengan IM. Menurut PKS sebagai representasi gerakan ikhwan, negara Islam adalah aspirasi, namun tidaklah penting melakukan formalisasi dengan mendeklarasikan perlunya Indonesia menjadi negara Islam.
Salafisme kontemporer cenderung menjauhkan diri dari politik praktis dan lebih tidak toleran terhadap praktik keagamaan yang tidak murni atau biasa disebut dengan bid’ah. Masyarakat Indonesia lebih sering menyebut kelompok salafi kontemporer ini sebagai “kelompok Wahabi”.
