Hal ini dapat terjadi karena kebanyakan calon siswa yang mendaftar di daerah memiliki sekolah dengan label favorit di mana sekolah tersebut akan menyeleksi berdasarkan siswa yang memiliki tingkat kemampuan akademik di atas rata-rata. Hal ini sangat berpengaruh secara langsung terhadap ketimpangan kualitas siswa yang berada di sekolah lain.Â
Dengan adanya sistem zonasi, orang tua atau keluarga lebih mudah mengawasi kegiatan dan perkembangan para siswa, membuat akses pendidikan yang merata dengan adanya sistem zonasi, akses pendidikan pada setiap sekolah bisa dibuat lebih merata, baik sekolah yang berada di kota ataupun di daerah, menghemat waktu dan biaya karena dengan jarak selokah yang lebih dekat dengan rumah.
Terlepas dari kelebihan sistem zonasi tersebut, sistem ini juga memiliki beberapa kekurangan di antaranya adalah mengurangi semangat siswa untuk belajar.Â
Hal ini terjadi karena faktor utama yang membuat siswa di terima di sebuah sekolah adalah jarak dari rumah ke sekolah bukan kemampuan akademik siswa tersebut.Â
Selain itu ruang lingkup pergaulan terbatas, siswa yang bersekolah jauh dari tempat tinggal mereka biasanya ia mendapatkan teman-teman baru sedangkan dengan adanya sistem zonasi kemungkinan besar siswa hanya memiliki ruang lingkup pertemanan yang terbatas.Â
Sistem zonasi juga masih mudah di manipulasi karena kenyataannya di lapangan orang-orang bisa memalsukan surat domisili agar bisa masuk ke sekolah tertentu.Â
Kekurangan sistem zonasi juga terletak pada kualitas guru dan juga sarana prasarana yang belum merata.  Kondisi guru yang  berkualitas dan sarana  prasarana  baik  berupa teknologi maupun gedung sekolah yang baik, hanya dijumpai pada daerah perkotaan hingga sekarang ini.
Dampak Sistem Zonasi Bagi Sekolah
Sistem zonasi merupakan upaya pemerintah dalam hal pemerataan pendidikan dengan menghapus anggapan masyarakat mengenai sekolah favorit dan sekolah unggulan yang notabenenya di sekolah tersebut membutuhkan biaya tinggi dan hanya memiliki siswa dengan kemampuan akademik/prestasi tinggi.Â
Pelaksanaan dari kebijakan sistem zonasi sebagai upaya pemerintah dalam mewujudkan pemerataan layanan, akses, dan mutu pendidikan dinilai belum maksimal. Pada awal pelaksanaan, beberapa daerah masih belum menerapkan kebijakan sistem zonasi dengan alasan belum siap.Â
Berikut beberapa dampak dari sistem zonasi bagi sekolah:Â