Pada abad keempat, Julian Si Arian seorang penulis sezaman dengan Apostolic Constitutions,5 menyusun kembali surat-surat Ignatius yang telah rusak. Dia menambah delapan surat palsu atas 7 surat yang asli. Maka secara keseluruhan ada lima belas surat yang menyandang nama Ignatius. Suratnya tersebut adalah : satu untuk Perawan Maria, dua untuk Rasul Yohanes, satu untuk Maria dari Cassobelae, untuk Tarsia, untuk Antiokhia, untuk Pahlawan, diaken Antiokhia, untuk Filipi, untuk Efesus, untuk Magnesia, untuk Trallians, untuk Romawi, untuk Filadelfia, untuk Smyrna, dan untuk Polikarpus. Edisi panjang ini ditulis dalam bahasa Latin dan bahasa Yunani. Tulisan ini dicetak dalam bahasa Latin pada tahun 1489 dan dalam bahasa Yunani pada tahun 1557.
Edisi pendek ini ditulis dalam bahasa Yunani, dan disimpan dalam Codex Mediceus Laurentianus 57.7. Edisi pendek ini berisi surat Ignatius kepada Jemaat di Efesus, Magnesia, Tralia, Roma, Filadelfia, Smyrna dan kepada Polikarpus, uskup Smyrna. Beberapa ahli menyatakan bahwa edisi pendek inilah surat Ignatius yang asli. Dalam naskah Medicean, surat kepada kepada Jemaat di Roma hilang, namun pada abad kesepuluh ditemukan kembali oleh Ruinart. Kemudian teks edisi pendek ini disimpan dalam Codex Paris Graec, No. 1457 di perpustakaan nasional Paris.
Pada tahun 1838, 1839, dan 1842, Archdeacon Tattam mengunjungi Biara St. Mary Deipara di padang pasir Nitria, Mesir dan berhasil mendapatkan manuskrip- manuskrip Syria kuno. Di antara manuskrip tersebut Dr. Cureton menemukan surat Ignatius kepada Polikarpus dan Efesus. Sedangkan surat Ignatius kepada Jemaat di Roma ditemukan dalam dua jilid manuskrip lainnya. Dr. Cureton menerbitkan penemuannya pada tahun 1845 dalam sebuah karya yang berjudul The Ancient Syriac Version of the Epistles of St. Ignatius to Polycarp, the Ephesian, and the Romans.
Saat dari Antiokhia menuju Roma, Ignatius menulis tujuh surat. Enam surat dialamatkan untuk komunitas Kristen di Efesus, Magnesia, Tralia, Smyrna, Filadelfia dan Roma. Sementara satu surat ditulisnya untuk uskup Smyrna yaitu Polikarpus. Dalam surat-surat tersebut, dia mengingatkan agar umat melawan serangan Yudaisme dan Doketisme yang berkembang di Asia Kecil pada waktu itu. Ia juga menasehati mereka untuk selalu hidup dalam kesatuan dengan uskup. Kesatuan antara jemaat dan uskup ini dipelihara dalam Ekaristi suci. Ignatius membuka setiap suratnya dengan salam. Pada salam pembuka ini, ia menyertai nama pengirim suratnya yaitu "Ignatius", yang juga dipanggil Theophorus, serta dimana surat tersebut dikirim. Namun dalam suratnya kepada Polikarpus, salam dan pujian disatukannya dengan isi surat. Bagian kedua dari surat ini adalah ucapan syukur, mirip dengan model ucapan syukur dalam surat-surat Paulus. Bagian terakhir meliputi salam penutup, penghormatan khusus, permohonan khusus dan ucapan syukur. Dalam surat kepada Jemaat di Efesus, Magnesia, Tralia dan Filadelfia, Ignatius menekankan tema kesatuan. Ia menekankan pentingnya kesatuan dalam komunitas.
Kemudian ia menyinggung soal heresi yang mengancam kesatuan Gereja. Heresi yang dimaksud adalah doketisme dan Yudaisme. Oleh karena itu, kesatuan dalam komunitas sangat penting untuk menghadapi heresi yang dapat memecah belah komunitas.8
Surat kepada jemaat di Roma terdiri dari tiga bagian. Pada bagian pertama, Ignatius memohon agar Gereja di Roma tidak mencampuri kepentingannya. Kemudian
|pada bagian kedua, dia menuliskan pemahaman tentang kemartirannya. Pada bagian ketiga, dia meminta agar Gereja berdoa menjelang kemartirannya.9 Surat kepada Jemaat di Smyrna terdiri atas tiga bagian. Pada bagian pertama Ignatius menekankan iman Gereja terhadap kemanusiaan Yesus. Kemudian bagian kedua, yang menjadi bagian isi dari surat ini, dipusatkan pada heresi yang mengancam Gereja di Smyrna, yaitu doketisme. Bagian terakhir yang sangat panjang berisi ucapan terimakasih khususnya kepada jemaat yang telah menjamunya selama beristirahat di Smyrna.10 Surat kepada Polikarpus berisi kunjungan Ignatius di Smyrna dan hubungan dekatnya dengan Polikarpus. Sebagai seorang uskup yang tua, Ignatius mendoakan, menasehati dan menyemangati Polikarpus. Melalui Polikarpus, Ignasius juga menulis surat kepada Gereja di Smyrna.
Dalam surat-surat yang ditulisnya, ada beberapa gagasan teologi, yakni mengenai Allah, Kristologi, Gereja, Pelayanan Gereja, Ekaristi, dan Kemartiran. Ignatius dalam surat-suratnya berusaha menunjukan kepada jemaat jalan untuk mencapai persekutuan dengan Allah melalui persekutuan dalam perayaan Ekaristi yang dipimpin oleh uskup dan para imam. Dalam surat-suratnya, Ignatius menunjukkan kekayaan makna dan spiritualitas Ekaristi yang ditimba dan diterima oleh umat. Bagi Ignatius, Ekaristi sungguh menjadi tanda kesatuan Gereja yang memungkinkan orang- orang beriman untuk mencapai Allah.12 Ignatius sungguh menaruh perhatian terhadap bahaya kesesatan yang dapat menjauhkan umat dari Allah dan menyebabkan
perpecahan dalam Gereja. Perpecahan dalam Gereja ini diakibatkan oleh ajaran dari guru-guru palsu. Oleh karena itu, Ignatius mengajak umat untuk bersatu dalam Ekaristi. Bagi Ignatius, Ekaristi adalah sarana untuk mengalahkan kesesatan yang dibawa oleh para guru palsu. Ekaristi menjadi unsur yang paling penting dalam kehidupan Gereja. Sebagai daging dan darah Kristus yang adalah "satu-satunya dokter jasmani dan rohani", Ekaristi akan menyatukan umat beriman dengan Kristus yang selalu bersatu dengan Bapa, dan dengan seluruh Gereja (uskup, imam, diakon dan seluruh umat). Melalui Ekaristi, umat beriman diangkat dan di ikut-sertakan dalam persekutuan abadi Allah Tritunggal. Ekaristi, sebagai daging dan darah Kristus, merupakan "obat keabadian" yang menganugerahkan kehidupan kekal. Setiap kali jemaat makan roti dan minum anggur dari cawan Ekaristi, mereka menyatakan kebangkitan Kristus. Sebab dalam Ekaristi, kita memakan Kristus yang bangkit. Maka, berbagi Ekaristi berarti berbagi kesatuan dengan Kristus, dalam Bapa, yang terlaksana dalam Gereja-Nya. Oleh karena itu Ekaristi, bagi Ignatius, menjadi satu-satunya cara untuk menjalin kesatuan dengan Allah.
Pada abad kedua, di Asia Kecil, muncul heresi doketisme yang ajarannya menyangkal kodrat manusiawi Yesus. Bersamaan dengan itu, berkembang juga yudaisme yang mengajak orang Yahudi-Kristen untuk kembali merayakan hari Sabat. Akibat dari pengaruh doketisme dan yudaisme ini mengakibatkan perpecahan dalam komunitas. Bahkan mereka memisahkan diri dari Gereja karena mengikuti kelompok ini. Oleh sebab itu, untuk menghadapi perpecahan ini, Ignatius menyerukan kesatuan Gereja dalam Ekaristi.
Surat-surat yang ditulis Ignatius merupakan wasiatnya kepada Gereja di Asia. Di dalam suratnya, ia berpesan agar jemaat teguh dalam iman ketika menghadapi ajaran-ajaran palsu yang menyesatkan. Dengan tegas, Ignatius menasehati agar jemaat menjaga kesatuan dengan uskup dan kesatuan antar jemaat itu sendiri. Kesatuan ini semakin erat dan diwujudkan dalam Ekaristi. Dengan ambil bagian dalam Ekaristi, setiap anggota jemaat ada dalam kesatuan dengan uskup dan dengan jemaat sendiri.14 Surat kepada jemaat di Filadelfia bersamaan ditulis dengan surat Kepada jemaat di Smyrna dan kepada Polikarpus, uskup Smyrna, ketika Ignatius beristirahat di Troas dalam perjalanan menuju ke Roma tahun 110.
