Koji dicampur dengan larutan garam yang disebut dengan moromi.
Pada proses moromi ini ditambahkan BAL dan khamir untuk proses fermentasi berminggu-minggu hingga berbulan. Moromi yang telah "mature" akan di press untuk diambil bagian cairannya yang nantinya akan diendapkan.
Cairan hasil endapan lalu  difiltrasi menghasilkan kaige.
Kaige lalu dipanaskan untuk menggumpalkan protein, diendapkan dan difilter kembali hingga akhirnya dihasilkan Shoyu yang bebas padatan.
Jenis Jenis Shoyu
Semakin pekat warna Shoyu maka semakin besar komposisi kedelai. Namun jika warna Shoyu makin terang maka komposisi gandum lebih besar.Â
1. Tamari Shoyu, memiliki warna sangat gelap, umami yang kuat, kental karena jumlah kedelai lebih banyak dibanding gandum.
2. Saishikomi Shoyu, memiliki warna gelap dan kental, rasio antara soybean dan gandum yaitu 1:1.
3. Koikuchi Shoyu, memiliki rasa lebih seimbang, memiliki umur simpan panjang. Rasio soybean : gandum yaitu 1:1. Shoyu jenis ini paling banyak digunakan.
4. Usukuchi Shoyu, memiliki warna lebih terang dan sedikit aroma. Rasio soybean : wheat yaitu 1:1 dengan jumlah garam yang digunakan lebih tinggi.
5. Shiro Shoyu, warnanya lebih terang karena jumlah gandum yang digunakan lebih banyak, tidak memiliki rasa yang kuat, memiliki aroma yang unik dan rasa manis sangat terasa.Â
Selama Proses Pembuatan Shoyu
Dalam fermentasi Shoyu terdapat beberapa mikroorganisme :
